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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2re9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TL1A at 2.1 A | ||||||
![]() | TNF superfamily ligand TL1A | ||||||
![]() | CYTOKINE / HORMONE/GROWTH FACTOR / VEGI / homotrimer / metal binding / Membrane / Transmembrane / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() TNFs bind their physiological receptors / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / tumor necrosis factor receptor binding / cytokine activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / immune response / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, T.C. / Guo, F. / Kim, S. / Howard, A.J. / Zhang, Y.Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of TNF ligand family member TL1A at 2.1 A. 著者: Jin, T. / Guo, F. / Kim, S. / Howard, A. / Zhang, Y.Z. #1: ![]() タイトル: Purification and crystallization of recombinant human TNF-like ligand TL1A 著者: Jin, T.C. / Guo, F. / Kim, S. / Howard, A.J. / Zhang, Y.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that biological unit is the same as asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20553.326 Da / 分子数: 3 / 断片: Soluble part: Residues 72-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.86 詳細: 0.2 M Magnesium formate, pH 6.86, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日 |
放射 | モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46993 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Num. unique all: 4595 / Χ2: 1.001 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1A8M 解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 78.257 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.352 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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