[日本語] English
万見
- PDB-2re9: Crystal structure of TL1A at 2.1 A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2re9
タイトルCrystal structure of TL1A at 2.1 A
要素TNF superfamily ligand TL1A
キーワードCYTOKINE / HORMONE/GROWTH FACTOR / VEGI / homotrimer / metal binding / Membrane / Transmembrane / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cytokine activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / immune response / signaling receptor binding / signal transduction ...TNFs bind their physiological receptors / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cytokine activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / immune response / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15 / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jin, T.C. / Guo, F. / Kim, S. / Howard, A.J. / Zhang, Y.Z.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: X-ray crystal structure of TNF ligand family member TL1A at 2.1 A.
著者: Jin, T. / Guo, F. / Kim, S. / Howard, A. / Zhang, Y.Z.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Purification and crystallization of recombinant human TNF-like ligand TL1A
著者: Jin, T.C. / Guo, F. / Kim, S. / Howard, A.J. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2007年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TNF superfamily ligand TL1A
B: TNF superfamily ligand TL1A
C: TNF superfamily ligand TL1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8686
ポリマ－61,6603
非ポリマー2083
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.911, 114.911, 119.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Authors state that biological unit is the same as asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質 TNF superfamily ligand TL1A / Tumor necrosis factor (Ligand) superfamily / member 15


分子量: 20553.326 Da / 分子数: 3 / 断片: Soluble part: Residues 72-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF15 / プラスミド: pDEST14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NFE9, UniProt: O95150*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.86
詳細: 0.2 M Magnesium formate, pH 6.86, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日
放射モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46993 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Num. unique all: 4595 / Χ2: 1.001 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A8M

1a8m


解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2194 4.6 %Thin shells
Rwork0.198 ---
obs-43958 93.2 %-
溶媒の処理Bsol: 78.257 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 49.352 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3945 0 13 500 4458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.349
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:glycerol.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る