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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdx
タイトルCrystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Roseovarius nubinhibens ISM
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ENOLASE / RACEMASE / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Roseovarius nubinhibens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Ozyurt, S. / Gilmore, M. / Lau, C. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Koss, J. ...Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Ozyurt, S. / Gilmore, M. / Lau, C. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Koss, J. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Roseovarius nubinhibens ISM.
著者: Patskovsky, Y. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Gilmore, M. / Ozyurt, S. / Lau, C. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Koss, J. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年10月9日ID: 2QYE
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,08723
ポリマ－333,2488
非ポリマー83915
水18,4651025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.415, 169.219, 223.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative


分子量: 41656.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseovarius nubinhibens (バクテリア)
株: ISM / 遺伝子: ISM_14070 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3SNF8
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1025 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 30% PEG MME550, 10% Glycerol, 50mM Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 215416 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.3.0034精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 13.523 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 6351 3 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 204242 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22587 0 50 1025 23662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02123452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2641.95331867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59353030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.68822.9191134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.148153781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.46115263
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.23432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1470.311225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.515669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.52354
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.57
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1110.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2451.515120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.532223541
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.71839437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.1364.58284
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 428 -
Rwork0.291 12998 -
obs--86.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16460.4677-0.4681.0049-0.14710.5776-0.03260.2798-0.3613-0.24410.0190.01970.1889-0.12810.0137-0.0566-0.0227-0.0397-0.1416-0.0261-0.141417.373-62.67968.738
20.94520.211-0.18522.00180.3650.38080.0344-0.342-0.49440.2286-0.0606-0.06650.1155-0.01490.0263-0.0738-0.0104-0.0236-0.0280.15330.058638.803-75.84193.844
32.25080.2812-0.1280.7405-0.05950.27710.0755-0.46580.17820.2472-0.04720.1358-0.1079-0.0876-0.0284-0.0409-0.0220.0785-0.0693-0.0231-0.170912.545-38.77797.309
40.955-0.5793-0.21641.72220.51160.48710.07720.21060.2006-0.2329-0.01260.2455-0.123-0.174-0.0645-0.0623-0.01990.0439-0.11620.033-0.104222.949-17.46370.443
51.88120.2689-0.92040.6027-0.40550.8215-0.0548-0.4273-0.37050.083-0.104-0.27910.20680.34210.1589-0.03470.0164-0.00790.10360.0414-0.035276.03-49.10392.869
61.25820.6709-0.41562.8912-0.80460.5021-0.17140.227-0.7277-0.3997-0.0421-0.79770.15890.23960.2135-0.03590.02620.1284-0.008-0.0790.295862.554-68.04365.839
72.48880.481-0.02290.70740.02530.25430.05030.19920.3356-0.1458-0.0201-0.0219-0.16690.1205-0.0301-0.0439-0.02620.0678-0.0983-0.0175-0.129868.275-23.07267.734
80.7077-0.213-0.16832.4143-0.40630.20060.0483-0.32270.27180.3158-0.0094-0.1833-0.1630.1996-0.0389-0.0255-0.07160.0465-0.0145-0.1464-0.094349.606-12.21696.284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 3682 - 370
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 3682 - 370
3X-RAY DIFFRACTION3CC0 - 3682 - 370
4X-RAY DIFFRACTION4DD0 - 3682 - 370
5X-RAY DIFFRACTION5EE0 - 3682 - 370
6X-RAY DIFFRACTION6FF0 - 3682 - 370
7X-RAY DIFFRACTION7GG0 - 3682 - 370
8X-RAY DIFFRACTION8HH0 - 3682 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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