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- PDB-2rdt: Crystal Structure of Human Glycolate Oxidase (GO) in Complex with CDST -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdt
タイトルCrystal Structure of Human Glycolate Oxidase (GO) in Complex with CDST
要素Hydroxyacid oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / FMN / Glycolate pathway / Peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import ...glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / FMN binding / response to oxidative stress / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2RD / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 2-Hydroxyacid oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Murray, M.S. / Holmes, R.P. / Lowther, W.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Active Site and Loop 4 Movements within Human Glycolate Oxidase: Implications for Substrate Specificity and Drug Design.
著者: Murray, M.S. / Holmes, R.P. / Lowther, W.T.
履歴
登録2007年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4103
ポリマ－42,6401
非ポリマー7702
水3,081171
1
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,64012
ポリマ－170,5604
非ポリマー3,0798
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area17850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.322, 96.322, 79.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX


分子量: 42640.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1, GOX1, HAOX1 / プラスミド: pET28a / 細胞株 (発現宿主): C41(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-2RD / 5-(dodecylthio)-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid / 4-carboxy-5-dodecylsulfanyl-1,2,3-triazole


分子量: 313.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H27N3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES,PEG 600, CDST, pH 7.5, temperature 298K, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.16 Å / Num. obs: 25585 / % possible obs: 96.8 %
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.16 Å
Translation2.5 Å48.16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2Lデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化解像度: 1.95→48.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.729 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1295 5.1 %
Rwork0.177 --
obs0.18 25582 96.8 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 52 171 2825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9883656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9115335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91623.423111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27515479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2281523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.270.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.51719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03922670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99331146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1194.5985
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 119 -
Rwork0.253 1763 -
obs--98.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.762-0.53-0.07975.4527-2.52078.91830.17030.1920.2361-0.0614-0.2013-0.1525-0.5315-0.08670.0310.07710.0218-0.00950.05960.0056-0.014514.63420.6193.468
20.5415-0.4408-0.24511.03120.46750.4560.0323-0.0177-0.0166-0.0483-0.0246-0.0298-0.0164-0.0113-0.00770.0765-0.0177-0.01590.0878-0.00710.012913.91111.57916.284
30.6666-0.01230.48361.1535-0.32481.08450.02540.06750.1014-0.0942-0.0354-0.2532-0.0860.19480.010.028-0.01620.01330.0550.00770.019335.20119.42218.288
40.99760.30440.46291.31990.28871.1497-0.05160.0378-0.05990.04650.0792-0.16610.05960.1644-0.02770.05080.0078-0.01450.0748-0.00640.014530.9334.15324.654
50.7255-0.4377-0.05871.09190.13681.1451-0.0324-0.06310.01930.03160.02190.0245-0.015-0.030.01050.0679-0.0152-0.00290.0665-0.00110.028416.95620.00323.095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 1417 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2AA15 - 5832 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3AA59 - 15676 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4AA157 - 275174 - 292
5X-RAY DIFFRACTION5AA276 - 363293 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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