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- PDB-2rde: Crystal structure of VCA0042 complexed with c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rde
タイトルCrystal structure of VCA0042 complexed with c-di-GMP
要素Uncharacterized protein VCA0042
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / c-di-gmp / vibrio cholerae / vca0042 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-di-GMP binding / bacterial-type flagellum
類似検索 - 分子機能
Flagellar protein YcgR / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Thrombin, subunit H / Roll ...Flagellar protein YcgR / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Thrombin, subunit H / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Cyclic di-GMP binding protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Benach, J. / Swaminathan, S.S. / Tamayo, R. / Seetharaman, J. / Handelman, S. / Forouhar, F. / Neely, H. / Camilli, A. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: The structural basis of cyclic diguanylate signal transduction by PilZ domains.
著者: Benach, J. / Swaminathan, S.S. / Tamayo, R. / Handelman, S.K. / Folta-Stogniew, E. / Ramos, J.E. / Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Camilli, A. / Hunt, J.F.
履歴
登録2007年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein VCA0042
B: Uncharacterized protein VCA0042
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8744
ポリマ－56,4932
非ポリマー1,3812
水9,746541
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.006, 55.400, 58.044
Angle α, β, γ (deg.)99.880, 97.090, 106.800
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein VCA0042


分子量: 28246.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: vca0042, VC0395_0091 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5F1K1, UniProt: A0A0H3ADR8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG 3350, 220mM Potassium acetate, 100mM Na-MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月14日
詳細: KOHZU double crystal monochromator with a sagitally focused second crystal. Two spherical mirrors, one rhodium coated. User choice of either mirror depending on the desired energy
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 20.6 / 数: 164210 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.17 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 42107 / % possible obs: 97.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.095098.810.041.0183.8
3.254.0998.910.0431.0853.9
2.843.2598.610.0511.043.9
2.582.8498.410.0681.0583.9
2.392.5897.910.0911.1693.9
2.252.3997.810.1131.163.9
2.142.2597.410.1421.1273.9
2.052.1497.110.2041.2023.9
1.972.0596.910.2941.3673.9
1.91.9796.610.4111.5023.9
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 42107 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.173 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.90.41141441.502196.6
1.97-2.053.90.29442011.367196.9
2.05-2.143.90.20441871.202197.1
2.14-2.253.90.14241621.127197.4
2.25-2.393.90.11341931.16197.8
2.39-2.583.90.09142211.169197.9
2.58-2.843.90.06842511.058198.4
2.84-3.253.90.05142511.04198.6
3.25-4.093.90.04342401.085198.9
4.09-503.80.0442571.018198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YLN

1yln


解像度: 1.92→20 Å / FOM work R set: 0.874 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1975 4.8 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs-39289 94.9 %-
溶媒の処理Bsol: 49.659 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.767 Å20.737 Å2-2.397 Å2
2---1.686 Å2-0.346 Å2
3----1.081 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3561 0 92 541 4194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.287
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 39

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.92-1.940.322430.28817860
1.94-1.950.311480.272845893
1.95-1.970.278500.253917967
1.97-1.990.338340.26851885
1.99-2.010.227490.225924973
2.01-2.030.302400.23920960
2.03-2.050.243450.2259671012
2.05-2.070.239520.22936988
2.07-2.10.201490.213945994
2.1-2.120.246590.22914973
2.12-2.140.314540.2159721026
2.14-2.170.21490.2926975
2.17-2.20.194500.2049741024
2.2-2.230.31520.2139511003
2.23-2.260.254610.222930991
2.26-2.290.232600.209938998
2.29-2.320.241600.205939999
2.32-2.360.194550.1919711026
2.36-2.40.302400.203948988
2.4-2.440.167550.1819671022
2.44-2.480.312480.2029721020
2.48-2.530.264500.2119611011
2.53-2.580.287560.2179501006
2.58-2.640.228510.20210011052
2.64-2.70.244560.2089711027
2.7-2.770.229540.1929831037
2.77-2.840.216530.1999561009
2.84-2.930.266490.20910201069
2.93-3.020.229470.213951998
3.02-3.130.178500.199981048
3.13-3.250.183450.18910041049
3.25-3.40.168560.1899961052
3.4-3.580.235580.1869801038
3.58-3.80.224460.19410071053
3.8-4.090.22480.18210071055
4.09-4.50.143480.14510091057
4.5-5.140.178590.179851044
5.14-6.440.215340.210251059
6.44-200.192620.1859861048
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CDG.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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