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- PDB-2rdc: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE LIPID BINDING PROTEIN (GSU0061) F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE LIPID BINDING PROTEIN (GSU0061) FROM GEOBACTER SULFURREDUCENS PCA AT 1.80 A RESOLUTION
要素Uncharacterized protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性protein ne1242 / Protein of unknown function DUF3232 / Protein of unknown function (DUF3232) / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function (NP_951123.1) from Geobacter sulfurreducens at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND PACKING ANALYSIS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6907
ポリマ－35,3092
非ポリマー3815
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.190, 116.250, 97.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 20 - 152 / Label seq-ID: 21 - 153

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND PACKING ANALYSIS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 17654.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
生物種: Geobacter sulfurreducens / 株: PCA, DSM 12127 / 遺伝子: NP_951123.1, GSU0061 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q74H32
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.07
詳細: NANODROP, 28.6% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M MES pH 6.07, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0000, 0.9797, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月31日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97971
30.97961
反射解像度: 1.8→29.05 Å / Num. obs: 26165 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.860.6441.26698446095.3
1.86-1.940.4851.68655534599.5
1.94-2.030.3022.78258508099.6
2.03-2.130.1784.47579464399.2
2.13-2.270.1226.38601522799.5
2.27-2.440.0859.18001481399.5
2.44-2.690.05812.68463506099.5
2.69-3.070.03718.58216489199.3
3.07-3.870.02229.18359503999.5
3.87-29.050.016378477497498.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0040精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.358 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. SO4, CL AND MPD FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. ASSIGNMENT OF MPD IS TENTATIVE SINCE IT IS IN CLOSE CONTACT WITH PROTEIN. THE RESIDUE TYR 53 NEARBY IS HIGHLY CONSERVED. 4. RESIDUES A0-19, B0-17 ARE DISORDERED AND NOT MODELED. THE REGIONS 125-132 FOR BOTH CHAINS A AND B ARE POOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1328 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 26140 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.278 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2104 0 20 126 2250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.9663019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97933738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.215287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.85222110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58715400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7041528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.21573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21103
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21152
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.64831504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5923563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.652166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9328941
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.14411842
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1633 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL1.385
2BLOOSE THERMAL3.8810
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 85 -
Rwork0.304 1790 -
all-1875 -
obs--98.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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