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- PDB-2rd3: Crystal structure of TenA homologue (HP1287) from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rd3
タイトルCrystal structure of TenA homologue (HP1287) from Helicobacter pylori
要素Transcriptional regulator
キーワードHYDROLASE / TenA / HP1287 / Helicobacter pylori / Thiamin / Vitamin B1 / thiaminase II / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine metabolic process / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiaminase II / : / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminopyrimidine aminohydrolase / Transcriptional regulator (TenA)
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Barison, N. / Cendron, L. / Trento, A. / Angelini, A. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The structural and functional characterization of HP1287 from Helicobacter pylori demonstrates it is a TenA homologue
著者: Barison, N. / Cendron, L. / Trento, A. / Angelini, A. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural characterization of the regulatory proteins TenA and TenI from Bacillus subtilis and identification of TenA as a thiaminase II
著者: Toms, A.V. / Haas, A.L. / Park, J.H. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The 2.35 A structure of the TenA homolog from Pyrococcus furiosus supports an enzymatic function in thiamine metabolism
著者: Benach, J. / Edstrom, W.C. / Lee, I. / Das, K. / Cooper, B. / Xiao, R. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure analysis of PH1161 protein, a transcriptional activator TenA homologue from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii
著者: Itou, H. / Yao, M. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
#4: ジャーナル: NAT.CHEM.BIOL. / 年: 2007
タイトル: A new thiamin salvage pathway
著者: Jenkins, A.H. / Schyns, G. / Potot, S. / Sun, G. / Begley, T.P.
履歴
登録2007年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999Sequence The gene author has cloned comes from a different strain.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3302
ポリマ－51,3302
非ポリマー00
水93752
1
A: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator

A: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6614
ポリマ－102,6614
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area7700 Å2
手法PISA
2
A: Transcriptional regulator

A: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3302
ポリマ－51,3302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area1630 Å2
手法PISA
3
D: Transcriptional regulator

D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3302
ポリマ－51,3302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area1630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.420, 148.420, 233.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-227-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 2 - 217 / Label seq-ID: 8 - 223

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2DB
詳細The biological assembly is a tetramer. The dimer in the asymmetric unit generates the tetramer through one of the two crystallographic two-fold axes.

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator / TenA


分子量: 25665.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: CCUG17874 / 遺伝子: HP1287 / プラスミド: pET151 directional TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: O25874, UniProt: A8KRL3*PLUS, aminopyrimidine aminohydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 1.1 M Lithium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→125 Å / Num. all: 36057 / Num. obs: 36057 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 5136 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TO9

1to9


解像度: 2.7→125 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.508 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25761 1799 5 %RANDOM
Rwork0.23527 ---
obs0.23638 34257 99.8 %-
all-34257 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3568 0 0 52 3620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.9334949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0195437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.27125182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.72715628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1781510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.31891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3440.52667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.5264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3520.341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3510.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.64622219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7933507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48421652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.16431442
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
864tight positional0.050.05
892loose positional0.175
864tight thermal0.810.5
892loose thermal3.3310
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 119 -
Rwork0.36 2463 -
obs--97.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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