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- PDB-2rcu: Crystal structure of rat carnitine palmitoyltransferase 2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rcu
タイトルCrystal structure of rat carnitine palmitoyltransferase 2 in complex with r-3-(hexadecanoylamino)-4-(trimethylazaniumyl)butanoate
要素Carnitine O-palmitoyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL PROTEIN / Acetylation / Fatty acid metabolism / Inner membrane / Lipid metabolism / Membrane / Mitochondrion / Transit peptide / Transport / TRANSFERASE 04-MAI-06 R
機能・相同性
機能・相同性情報


carnitine O-palmitoyltransferase / carnitine O-palmitoyltransferase activity / Carnitine shuttle / carnitine O-octanoyltransferase activity / carnitine metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / response to fatty acid / acyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / long-chain fatty acid transport ...carnitine O-palmitoyltransferase / carnitine O-palmitoyltransferase activity / Carnitine shuttle / carnitine O-octanoyltransferase activity / carnitine metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / response to fatty acid / acyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / long-chain fatty acid transport / positive regulation of cold-induced thermogenesis / in utero embryonic development / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #180 / Carnitine o-acyltransferase, N-terminal / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain ...Monooxygenase - #180 / Carnitine o-acyltransferase, N-terminal / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Monooxygenase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BUJ / Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Rufer, A.C. / Benz, J. / Chomienne, O. / Thoma, R. / Hennig, M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2007
タイトル: Carnitine palmitoyltransferase 2: analysis of membrane association and complex structure with a substrate analog.
著者: Rufer, A.C. / Lomize, A. / Benz, J. / Chomienne, O. / Thoma, R. / Hennig, M.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年9月25日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年5月5日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / reflns / reflns_shell
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.pdbx_redundancy
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnitine O-palmitoyltransferase 2
B: Carnitine O-palmitoyltransferase 2
A: (3R)-3-(hexadecanoylamino)-4-(trimethylammonio)butanoate
B: (3R)-3-(hexadecanoylamino)-4-(trimethylammonio)butanoate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,2225
ポリマ－147,1322
非ポリマー1,0903
水19,3841076
1
A: Carnitine O-palmitoyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2573
ポリマ－73,5661
非ポリマー6912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carnitine O-palmitoyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9652
ポリマ－73,5661
非ポリマー3991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.273, 97.750, 312.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Carnitine palmitoyltransferase is active as monomer. The asymmetric unit of this crystal form contains two molecules of carnitine palmitoyltransferase.

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要素

#1: タンパク質 Carnitine O-palmitoyltransferase 2 / Carnitine palmitoyltransferase II / CPT II


分子量: 73566.094 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 27-658 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cpt2, Cpt-2 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 / 参照: UniProt: P18886, carnitine O-palmitoyltransferase
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-BUJ / (3R)-3-(hexadecanoylamino)-4-(trimethylammonio)butanoate / (3R)-3-(palmitoylamino)-4-(trimethylammonio)butanoate


分子量: 398.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1076 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15 M DL-malic acid pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350 (Index 91, Hampton Research), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月17日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR (19.65M, FOCUSING SAGITTAL-HORIZONTAL) BENDABLE MIRROR (20.50 M FOCUSING MERIDIONAL-VERTICAL)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 139208 / Num. obs: 126696 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 0.18307 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 22.26
反射 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 12.71 / Num. unique all: 21752 / Rsym value: 0.078 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2deb

2deb


解像度: 1.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.474 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22331 6400 5.1 %RANDOM
Rwork0.17749 ---
obs0.17978 120296 91.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10015 0 76 1076 11167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02210341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.95714016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75551251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34123.855498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.023151718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.741564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.25143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.27145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1826440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.881310141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.67744375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.57963875
LS精密化 シェル解像度: 1.781→1.827 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 473 -
Rwork0.196 8937 -
obs--92.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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