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- PDB-2rcj: Solution structure of human Immunoglobulin M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rcj
タイトルSolution structure of human Immunoglobulin M
要素
  • IgA1 heavy chain
  • IgA1 light chain
  • J chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / polymeric antibodies / immunology / constrained modelling
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Hepatitis B virus receptor binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱
データ登録者Perkins, S.J. / Nealis, A.S. / Sutton, B.J. / Feinstein, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Solution structure of human and mouse immunoglobulin M by synchrotron X-ray scattering and molecular graphics modelling. A possible mechanism for complement activation.
著者: Perkins, S.J. / Nealis, A.S. / Sutton, B.J. / Feinstein, A.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Implications of the near-planar solution structure of human myeloma dimeric IgA1 for mucosal immunity and IgA nephropathy
著者: Bonner, A. / Furtado, P.B. / Almogren, A. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年9月23日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / struct_keywords / Item: _entity.pdbx_description / _struct_keywords.text
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgA1 light chain
B: IgA1 light chain
C: IgA1 heavy chain
D: IgA1 heavy chain
E: IgA1 light chain
F: IgA1 light chain
G: IgA1 heavy chain
H: IgA1 heavy chain
I: IgA1 light chain
J: IgA1 light chain
K: IgA1 heavy chain
L: IgA1 heavy chain
M: IgA1 light chain
N: IgA1 light chain
O: IgA1 heavy chain
P: IgA1 heavy chain
Q: IgA1 light chain
R: IgA1 light chain
S: IgA1 heavy chain
T: IgA1 heavy chain
U: J chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)809,95321
ポリマ－809,95321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
詳細This structure is a pentamer structure with 4 chains in each subunit - plus an additional J Chain to make it 21 polypeptide chains.

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要素

#1: 抗体
IgA1 light chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23165.770 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
詳細: Human immunoglobulin M was purified from the serum of a patient with Waldenstrom's disease
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PYX1*PLUS
#2: 抗体
IgA1 heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 56759.504 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
詳細: Human immunoglobulin M was purified from the serum of a patient with Waldenstrom's disease
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#3: タンパク質 J chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10700.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Human immunoglobulin M was purified from the serum of a patient with Waldenstrom's disease
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
タイプID波長 (Å)
OTHER11.54
OTHER21.54
検出器
タイプID検出器日付
300-Channel1LINEAR DETECTOR1989年1月1日
500-channel2QUADRANT DETECTOR1989年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Soln scatterタイプ: x-ray / Buffer name: 200 MM NACL 12 MM NAHPO4 0.05% NA AZIDE / Conc. range: 2-30 / Data analysis software list: SCTPL2 / Data reduction software list: SWANAL / 検出器タイプ: LINEAR DETECTOR / Max mean cross sectional radii gyration: 1.79 nm / Max mean cross sectional radii gyration esd: 0.12 nm / Mean guiner radius: 12.17 nm / Mean guiner radius esd: 0.34 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 6.06 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.19 nm / Num. of time frames: 1 / Sample pH: 7 / Source beamline: 7.3 / Source class: Y / Source type: SRS DARESBURY / 温度: 293 K

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCTPL2モデル構築
FRODOモデル構築
Insight IIモデル構築
SWANALデータスケーリング
OTOKOデータスケーリング
SCTPL2位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7514 0 0 0 7514
Soln scatter model詳細: THE DEPOSITED STRUCTURE CONTAINS ONLY CA ATOMS. THE IGM COORDINATES ARE PROVIDED FROM AN EARLY STUDY IN WHICH A MANUAL FIT METHOD BASED ON KNOWN CRYSTAL STRUCTURES FOR IGG WAS USED TO ...詳細: THE DEPOSITED STRUCTURE CONTAINS ONLY CA ATOMS. THE IGM COORDINATES ARE PROVIDED FROM AN EARLY STUDY IN WHICH A MANUAL FIT METHOD BASED ON KNOWN CRYSTAL STRUCTURES FOR IGG WAS USED TO DETERMINE STRUCTURES FOR INTACT IGM AND ITS FAB, FAB'2, FC5 AND IGM-S MONOMER SUBUNITS. THESE CRYSTAL STRUCTURES ORIGINATED FROM HUMAN FAB KOL (PDB CODE 2FB4) AND HUMAN FC (PDB CODE 1FC1). THIS PROCEDURE IS APPROXIMATE AND THE IGM MODEL IS NOT CONSIDERED TO BE OPTIMAL OR REFINED AGAINST THE X-RAY SCATTERING DATA.
Num. of conformers submitted: 1 / Software list: FRODO, INSIGHT, SCTPL2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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