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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rbu | ||||||
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タイトル | Cytochrome C Peroxidase in complex with cyclopentane-carboximidamide | ||||||
![]() | Cytochrome C Peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding ...cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Graves, A.P. / Boyce, S.E. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing. 著者: Graves, A.P. / Shivakumar, D.M. / Boyce, S.E. / Jacobson, M.P. / Case, D.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 808.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rayC ![]() 2razC ![]() 2rb0C ![]() 2rb1C ![]() 2rb2C ![]() 2rbnC ![]() 2rboC ![]() 2rbpC ![]() 2rbqC ![]() 2rbrC ![]() 2rbsC ![]() 2rbtC ![]() 2rbvC ![]() 2rbwC ![]() 2rbxC ![]() 2rbyC ![]() 2rbzC ![]() 2rc0C ![]() 2rc1C ![]() 2rc2C ![]() 1ac4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33198.867 Da / 分子数: 1 / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: YJM789 / 遺伝子: ccp1, ccp, cpo / プラスミド: PT7CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A7A026, UniProt: P00431*PLUS, cytochrome-c peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-273 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 6 詳細: MES, MPD, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K, pH 6.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日 / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111) |
放射 | モノクロメーター: KHOZU DOUBLE FLAT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 38753 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 33.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1AC4 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 1.794 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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