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- PDB-2raq: Crystal structure of the MTH889 protein from Methanothermobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2raq
タイトルCrystal structure of the MTH889 protein from Methanothermobacter thermautotrophicus. Northeast Structural Genomics Consortium target TT205
要素Conserved protein MTH889
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性MTH889-like domain / Protein of unknown function DUF211 / MTH889-like domain superfamily / Uncharacterized ArCR, COG1888 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Forouhar, F. / Su, M. / Xu, X. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Conover, K. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Su, M. / Xu, X. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Conover, K. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the MTH889 protein from Methanothermobacter thermautotrophicus.
著者: Forouhar, F. / Su, M. / Xu, X. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Conover, K. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2007年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE A 25-AA N-TERMINAL TAG WAS CLEAVED BY THROMBIN. IN RESULT, THE FINAL PURIFIED PROTEIN HAD ... SEQUENCE A 25-AA N-TERMINAL TAG WAS CLEAVED BY THROMBIN. IN RESULT, THE FINAL PURIFIED PROTEIN HAD ONLY MODIFICATION FOR ITS METHIONINE RESIDUES TO SE-MET RESIDUES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved protein MTH889
B: Conserved protein MTH889
C: Conserved protein MTH889
D: Conserved protein MTH889
E: Conserved protein MTH889
F: Conserved protein MTH889
G: Conserved protein MTH889
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,30221
ポリマ－76,7417
非ポリマー56114
水97354
1
A: Conserved protein MTH889
B: Conserved protein MTH889
C: Conserved protein MTH889
D: Conserved protein MTH889
E: Conserved protein MTH889
F: Conserved protein MTH889
G: Conserved protein MTH889
ヘテロ分子

A: Conserved protein MTH889
B: Conserved protein MTH889
C: Conserved protein MTH889
D: Conserved protein MTH889
E: Conserved protein MTH889
F: Conserved protein MTH889
G: Conserved protein MTH889
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,60442
ポリマ－153,48214
非ポリマー1,12228
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area38930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.569, 113.569, 114.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細14-mer oligomer made of two heptameric rings that are mediated by many calcium ions.

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要素

#1: タンパク質
Conserved protein MTH889


分子量: 10962.974 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H / 遺伝子: MTH889 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold magic / 参照: UniProt: O26975
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM HEPES pH 7.5, 18% PEG 400, 200 mM CaCl2, 3% 1,6-Hexanediol, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→80.58 Å / Num. all: 25673 / Num. obs: 25673 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 26.13
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 6.13 / Num. unique all: 2573 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.11→80.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 43.319 / SU ML: 0.386 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.553 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Program CNS_1.2 has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2802 691 4.9 %RANDOM
Rwork0.21559 ---
all0.22 25802 --
obs0.21871 13283 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→80.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5082 0 14 54 5150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.9796989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9795645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.67825.625224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.82915960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3431528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2890.22730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3360.23510
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1330.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2920.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1960.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6941.53306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25525315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25832008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3494.51674
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 50 -
Rwork0.225 938 -
obs-938 98.02 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.4402 Å / Origin y: 75.2137 Å / Origin z: -7.4043 Å
111213212223313233
T-0.1003 Å2-0.0445 Å20.0071 Å2--0.0905 Å2-0.0192 Å2---0.1372 Å2
L0.5902 °20.3815 °2-0.1039 °2-0.5738 °2-0.1203 °2--0.0658 °2
S-0.09 Å °0.0836 Å °-0.0714 Å °-0.079 Å °0.0839 Å °-0.0015 Å °0.0212 Å °-0.0681 Å °0.0061 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 953 - 95
2X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 952 - 95
3X-RAY DIFFRACTION1CC3 - 953 - 95
4X-RAY DIFFRACTION1DD3 - 953 - 95
5X-RAY DIFFRACTION1EE3 - 953 - 95
6X-RAY DIFFRACTION1FF3 - 953 - 95
7X-RAY DIFFRACTION1GG3 - 953 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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