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万見
- PDB-2r9u: Crystal Structure of Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2913 Ec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r9u
タイトルCrystal Structure of Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2913 Ectodomain
要素Variable lymphocyte receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Adaptive immunity / VLR / Leucine-rich repeat / LRR / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Variable lymphocyte receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Han, B.W. / Herrin, B.R. / Choe, J. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2913 Ectodomain.
著者: Han, B.W. / Herrin, B.R. / Morris, G.M. / Choe, J. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2007年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variable lymphocyte receptor
B: Variable lymphocyte receptor
C: Variable lymphocyte receptor
D: Variable lymphocyte receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9644
ポリマ－77,9644
非ポリマー00
水5,783321
1
A: Variable lymphocyte receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4911
ポリマ－19,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Variable lymphocyte receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4911
ポリマ－19,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Variable lymphocyte receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4911
ポリマ－19,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Variable lymphocyte receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4911
ポリマ－19,4911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.109, 61.057, 98.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13D
23A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 17 - 190 / Label seq-ID: 1 - 174

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BB
21AA
12CC
22AA
13DD
23AA

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The biological assembly is not clear yet.

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要素

#1: タンパク質
Variable lymphocyte receptor


分子量: 19490.996 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VLR2913 construct in pBAC6 and linearlized DNA ProFold-ER1 (AB Vector) were cotransfected.
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
プラスミド: pBAC6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): HI 5 / 参照: UniProt: Q6E4B4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0-2.4 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MarUSA MarMosaic -325 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月3日 / 詳細: Flat Mirror
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL Si(111) BENT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43844 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3847 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 81.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O6R

2o6r


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 11.135 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2232 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.22 41594 91.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.91 Å20 Å2-0.36 Å2
2---1.39 Å20 Å2
3----2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5456 0 0 321 5777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0215665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9337755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0683.0079137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3245706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.54325.075268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42315923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.631528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.24153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.22982
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3090.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5424400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.31321383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27245715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.52662498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.94582033
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B2296TIGHT POSITIONAL0.050.05
1B2296TIGHT THERMAL0.210.5
2C2296TIGHT POSITIONAL0.040.05
2C2296TIGHT THERMAL0.190.5
3D2290TIGHT POSITIONAL0.050.05
3D2290TIGHT THERMAL0.220.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.149 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 126 -
Rwork0.235 2618 -
all-2744 -
obs--77.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48150.72390.56842.824-0.06721.61120.006-0.0217-0.0915-0.02790.0170.05140.0416-0.0584-0.023-0.07880.0057-0.09280.0992-0.00260.085430.01231.86153.502
20.83670.17790.74862.1540.242.8498-0.04460.01710.0386-0.09510.0448-0.0468-0.12530.1473-0.0002-0.0543-0.0151-0.08770.12270.00020.088943.63538.54682.777
31.3983-0.94540.62582.62340.00841.89320.03940.0347-0.0804-0.0067-0.0277-0.02260.09340.0172-0.0117-0.0427-0.0066-0.09850.1065-0.0070.088770.29960.4887.026
40.7301-0.16210.35342.5513-0.81661.5870.0284-0.020.04030.18380.00280.03890.0411-0.0799-0.0312-0.0380.0127-0.08990.1156-0.00770.080456.57166.97357.626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA17 - 1901 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2BB17 - 1901 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3CC17 - 1901 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4DD17 - 1901 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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