PDB-2r9s: c-Jun N-terminal Kinase 3 with 3,5-Disubstituted Quinoline inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r9s

タイトル

c-Jun N-terminal Kinase 3 with 3,5-Disubstituted Quinoline inhibitor

要素

Mitogen-activated protein kinase 10

キーワード

SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / jnk3

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Habel, J.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: 3,5-Disubstituted quinolines as novel c-Jun N-terminal kinase inhibitors.
著者: Jiang, R. / Duckett, D. / Chen, W. / Habel, J. / Ling, Y.Y. / LoGrasso, P. / Kamenecka, T.M.

履歴

登録	2007年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2r9s.ent.gz	122.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2r9s_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1jnkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zdu-d 2ok1-d 6emh-1 4ux9-3 3vui-d 1pmn-d 3v6r-1 3fi3-d 4x21-1 2b1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 10

B: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

84 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.318, 81.344, 123.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 46 - 401 / Label seq-ID: 1 - 356

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

The biological unit is a monomer. There are two biological units in the assymetric unit (chains A & B).

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 10 / E.C.2.7.11.24 / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 / MAP kinase p49 3F12 分子量: 41284.789 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 39-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10 / プラスミド: pdest14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase

#1: タンパク質

Mitogen-activated protein kinase 10 / E.C.2.7.11.24 / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 / MAP kinase p49 3F12

分子量: 41284.789 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 39-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10 / プラスミド: pdest14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 219分子

#2: 化合物	ChemComp-255 / N-(tert-butyl)-4-[5-(pyridin-2-ylamino)quinolin-3-yl]benzenesulfonamide 分子量: 432.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₄O₂S
#3: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HF₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 25-32% PEG 3350, 100mM NaCl, 1mM AMP-PCP, 2mM MgCl2, 0.4mM Zwittergent 314, 10%(v/v) ethylene glycol, pH 5.5, microbatch, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.997 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月10日

放射

モノクロメーター: Silicon (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.997 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 32372 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 1.174 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.27-2.35	4.7	0.507	3005	1.415	1	93.9
2.35-2.45	6.1	0.423	3168	1.375	1	98.9
2.45-2.56	6.9	0.322	3208	1.326	1	99.8
2.56-2.69	7.3	0.241	3225	1.328	1	100
2.69-2.86	7.4	0.166	3221	1.219	1	100
2.86-3.08	7.4	0.108	3240	1.155	1	100
3.08-3.39	7.4	0.066	3256	1.191	1	100
3.39-3.88	7.4	0.041	3278	1.055	1	100
3.88-4.89	7.3	0.031	3309	0.926	1	100
4.89-50	6.9	0.026	3462	0.918	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

開始モデル: PDB Entry 1JNK

1jnk

解像度: 2.4→38.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 18.952 / SU ML: 0.23 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.624 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	1390	5 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.209	27603	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5362	0	125	182	5669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	5572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.944	1.988	7514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.83	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.241	24.341	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.469	15	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.606	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	3722
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.377	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.048	1.5	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.62	2	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.519	3	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.715	4.5	2190

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2681 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
MEDIUM THERMAL	0.88	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	99	-
R_work	0.23	1887	-
all	-	1986	-
obs	-	-	99.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.578	-2.2147	0.8512	6.8827	1.3271	4.2906	-0.1345	-0.0206	0.1635	-0.1677	0.1753	-0.4231	-0.1187	0.3411	-0.0408	-0.2494	-0.0059	0.1144	-0.1913	0.0492	-0.2712	13.4824	10.0336	15.6033
2	26.6664	-12.8859	-4.3657	14.545	2.1139	9.5848	0.4455	-0.8795	-0.9541	0.3215	0.0426	-0.7917	0.7117	0.6107	-0.4881	0.0306	0.003	-0.0231	-0.1464	0.0232	-0.1296	7.5002	-8.3887	21.1891
3	2.6277	-0.063	-1.0415	2.6003	0.5173	4.8834	0.0856	0.0021	-0.0133	-0.131	-0.0813	-0.2556	0.0754	-0.1886	-0.0043	-0.2075	0.0037	0.0639	-0.2158	0.0558	-0.2977	6.1358	6.1005	22.7913
4	3.731	0.9428	0.3707	4.7578	-1.4014	4.2343	0.0233	0.2126	-0.3391	0.1435	-0.0302	-0.6947	-0.1239	0.1963	0.0069	-0.3045	0.021	-0.0254	-0.2118	-0.0123	-0.2869	5.4151	2.7476	40.3882
5	6.0471	5.0881	1.0963	15.8677	3.8294	3.8339	-0.049	-0.0683	-0.848	0.3484	-0.0326	-1.0185	0.0283	0.5801	0.0816	-0.0769	-0.0363	-0.2568	-0.0324	0.1172	-0.0304	10.8223	-8.4979	54.4928
6	2.0071	0.1995	-1.4709	2.0016	-0.3935	4.5146	0.1136	0.0412	-0.1632	0.0331	-0.2168	-0.0453	-0.1071	-0.6708	0.1032	-0.2829	0.0423	-0.0896	-0.2125	0.0725	-0.309	-0.9217	1.3219	38.5178
7	12.8047	1.6784	-0.1533	6.4363	0.8835	7.0598	-0.1255	0.0895	-1.2034	0.0207	0.1117	0.1498	0.1721	0.1994	0.0138	-0.2796	0.0083	-0.04	-0.238	0.0186	-0.1194	47.8014	-9.7548	45.5792
8	15.7723	9.8238	-4.7564	38.4308	11.2599	7.6945	0.8134	0.6486	0.9307	-0.4052	-0.0378	-1.2505	-0.6828	0.0928	-0.7756	0.0609	0.038	0.0517	0.053	0.0781	-0.0053	44.0555	10.2416	40.8701
9	3.0027	-0.2791	1.3278	2.5721	0.9409	6.3911	0.0754	0.0506	-0.2971	0.0523	-0.1293	0.0552	-0.0388	-0.1793	0.0538	-0.2114	-0.0102	-0.0451	-0.1838	-0.0146	-0.1214	40.0648	-4.9142	38.5852
10	5.8055	-1.7092	-0.6365	2.8207	-0.973	4.5843	0.0926	-0.3977	1.2594	0.0299	0.1363	-0.937	0.0495	0.1767	-0.2289	-0.303	-0.0155	-0.0013	-0.2112	-0.1371	0.1855	39.3765	-2.4214	20.7378
11	5.945	0.9162	0.4898	15.5621	1.7134	4.2563	0.0111	0.2456	1.7802	-0.7033	-0.1399	-0.6035	-0.2706	0.3923	0.1288	-0.067	0.0625	0.3055	0.0349	0.2242	0.7371	44.6015	8.1147	6.464
12	1.437	-0.3119	1.6148	2.4164	0.3307	5.2517	0.1105	-0.0363	0.2907	-0.0957	-0.2569	-0.0858	0.0261	-0.6647	0.1464	-0.3287	-0.037	0.1099	-0.1519	0.0722	-0.0835	32.9419	-0.8709	23.1787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	46 - 96	1 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	97 - 111	52 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	112 - 161	67 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	162 - 267	117 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	268 - 321	223 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	322 - 400	277 - 355
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	46 - 96	1 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	97 - 107	52 - 62
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	108 - 161	63 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	162 - 267	117 - 222
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	268 - 322	223 - 277
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	323 - 400	278 - 355

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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