PDB-2r9q: Crystal structure of 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r9q

タイトル

Crystal structure of 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase from Agrobacterium tumefaciens

要素

2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase
Synthetic peptide 1
Synthetic peptide 2

キーワード

HYDROLASE / 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase / Structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-deoxyribonucleotide metabolic process / dCTP deaminase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, R. / Dong, A. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Zhang, R. / Dong, A. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 999

SEQUENCE THE AUTHORS FOUND TWO PEPTIDE CHAINS X AND Y BOUND TO MOLECULES B AND C, RESPECTIVELY. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r9q.cif.gz	519.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r9q.ent.gz	428 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r9q_validation.pdf.gz	474.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r9q_full_validation.pdf.gz	500.9 KB	表示
XML形式データ	2r9q_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	2r9q_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	9789 2zj2-2 4a9a-d 1n7h-1 5t1t-d 6k8s-d 3wbb-d 1tr2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6328

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

B: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

C: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

D: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

X: Synthetic peptide 1

Y: Synthetic peptide 2

164 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

C: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

X: Synthetic peptide 1

ソフトウェアが定義した集合体
81.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

D: 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase

Y: Synthetic peptide 2

ソフトウェアが定義した集合体
82 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.693, 129.042, 85.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Authors state that the biological unit of this protein is unknown

#1: タンパク質	2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase / AGR_C_764p 分子量: 40576.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: dcd, AGR_C_764, Atu0434 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8UI65, UniProt: A9CKA1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Synthetic peptide 1 分子量: 660.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#3: タンパク質・ペプチド	Synthetic peptide 2 分子量: 854.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97940, 0.97960

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 2.2→46.78 Å / Num. all: 73588 / Num. obs: 69099 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 57 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 17.1

反射シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 5433 / % possible all: 53.36

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 16.991 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.24
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26949	690	1 %	RANDOM
R_work	0.18904	-	-	-
all	0.1898	69099	-	-
obs	0.1898	69099	93.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10146	0	0	622	10768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.972	14069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.057	3	16882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.218	5	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.399	22.937	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.596	15	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.045	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	7173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.174	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.18	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.153	1.5	6828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.355	1.5	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.851	2	10653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.579	3	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.741	4.5	3416

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	39	-
R_work	0.249	2873	-
obs	-	2912	53.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.771 Å / Origin y: 52.115 Å / Origin z: 19.641 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.3402 Å²	-0.0004 Å²	0.0268 Å²	-	-0.2869 Å²	-0.0082 Å²	-	-	-0.276 Å²
L	0.0222 °²	-0.003 °²	0.0255 °²	-	0.0427 °²	-0.0307 °²	-	-	0.0469 °²
S	0.0003 Å °	-0.0125 Å °	-0.0169 Å °	-0.0181 Å °	0.0094 Å °	-0.0043 Å °	-0.0167 Å °	-0.0045 Å °	-0.0097 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 100	8 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 199	100 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	202 - 300	201 - 299
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	301 - 346	300 - 345
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	9 - 100	8 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	101 - 199	100 - 198
7	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	202 - 300	201 - 299
8	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	301 - 354	300 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	9 - 100	8 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	101 - 199	100 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	202 - 300	201 - 299
12	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	301 - 346	300 - 345
13	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	9 - 100	8 - 99
14	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	101 - 199	100 - 198
15	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	202 - 300	201 - 299
16	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	301 - 342	300 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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