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- PDB-2r9l: Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r9l
タイトルPolymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
  • Putative DNA ligase-like protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE / PROTEIN-DNA COMPLEX / ATP-binding / Ligase / Nucleotide-binding / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / DNA primase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication, synthesis of primer / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...: / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / DNA primase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication, synthesis of primer / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / double-strand break repair / manganese ion binding / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3300 / LigD polymerase domain, MtLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region ...Alpha-Beta Plaits - #3300 / LigD polymerase domain, MtLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Multifunctional non-homologous end joining DNA repair protein LigD / Multifunctional non-homologous end joining DNA repair protein LigD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brissett, N.C. / Fox, G.C. / Pitcher, R.S. / Doherty, A.J.
引用ジャーナル: Science / : 2007
タイトル: Structure of a NHEJ polymerase-mediated DNA synaptic complex
著者: Brissett, N.C. / Pitcher, R.S. / Juarez, R. / Picher, A.J. / Green, A.J. / Dafforn, T.R. / Fox, G.C. / Blanco, L. / Doherty, A.J.
履歴
登録2007年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
F: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DG)-3')
A: Putative DNA ligase-like protein
B: Putative DNA ligase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,44613
ポリマ-75,9676
非ポリマー4797
1,74797
1
C: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')
A: Putative DNA ligase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0298
ポリマ-37,6743
非ポリマー3545
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
手法PISA
2
E: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
F: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DG)-3')
B: Putative DNA ligase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4175
ポリマ-38,2933
非ポリマー1242
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.531, 111.788, 139.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B
12C
22E
13D
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALVALVAL1AE9 - 8112 - 84
211VALVALVALVAL1BF9 - 8112 - 84
321ALAALATHRTHR6AE82 - 8785 - 90
421ALAALATHRTHR6BF82 - 8785 - 90
531THRTHRVALVAL1AE88 - 11891 - 121
631THRTHRVALVAL1BF88 - 11891 - 121
741LEULEUPROPRO1AE126 - 140129 - 143
841LEULEUPROPRO1BF126 - 140129 - 143
951ALAALALEULEU1AE153 - 183156 - 186
1051ALAALALEULEU1BF153 - 183156 - 186
1161PROPROARGARG1AE186 - 202189 - 205
1261PROPROARGARG1BF186 - 202189 - 205
1371VALVALARGARG1AE226 - 255229 - 258
1471VALVALARGARG1BF226 - 255229 - 258
1581LEULEUALAALA5AE268 - 289271 - 292
1681LEULEUALAALA5BF268 - 289271 - 292
112DGDGDCDC1CA1 - 51 - 5
212DGDGDCDC1EC1 - 51 - 5
113DGDGDCDC4DB1 - 51 - 5
213DGDGDCDC4FD1 - 51 - 5

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
DNA鎖 , 3種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')


分子量: 1521.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')


分子量: 3328.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DG)-3')


分子量: 3946.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 Putative DNA ligase-like protein


分子量: 32825.148 Da / 分子数: 2 / Fragment: LIGD polymerase domain residues 1-300 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / : H37RV / 遺伝子: Rv0938 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)
参照: UniProt: P71571, UniProt: P9WNV3*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 3種, 104分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20%(w/v)PEG 3350, 0.2 M Ammonium chloride, 10mM MnCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium chloride11
2Ammonium chloride12
3MnCl211
4MnCl212

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 29540 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.856 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.496.50.39129380.801198.1
2.49-2.596.70.33529670.833199.2
2.59-2.770.25630010.838199.8
2.7-2.856.90.1930260.901199.9
2.85-3.026.90.13329960.949199.7
3.02-3.2670.0929830.993199.2
3.26-3.5870.06129830.88198.2
3.58-4.170.04629900.793197.5
4.1-5.166.80.03729020.714193.8
5.16-306.30.03727540.834184.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å21.13 Å
Translation2.5 Å21.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IRU
解像度: 2.4→21.124 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 20.383 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1502 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 29486 96.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.6 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 90.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.77 Å20 Å20 Å2
2---7.02 Å20 Å2
3---2.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→21.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4348 693 31 97 5169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0152.1387286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5725567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.14622.597181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5615695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4721542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.32297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.53475
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.5409
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.343
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4720.56
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6811.52899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04824588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57632910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1734.52698
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A1510TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A88MEDIUM POSITIONAL0.260.5
1A132LOOSE POSITIONAL0.715
1A1510TIGHT THERMAL0.080.5
1A88MEDIUM THERMAL0.572
1A132LOOSE THERMAL210
2C105TIGHT POSITIONAL0.030.05
2C105TIGHT THERMAL0.050.5
3D98MEDIUM POSITIONAL0.250.5
3D98MEDIUM THERMAL0.512
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 124 -
Rwork0.287 2037 -
all-2161 -
obs--97.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9635-0.2897-0.85710.76381.36824.31180.0716-0.06580.51870.0992-0.1229-0.3499-0.63290.31370.0513-0.2939-0.0857-0.0813-0.24950.0049-0.329710.0339-11.8104-13.8771
25.96091.811-0.20710.03540.03523.4649-0.22770.6817-0.3046-1.21750.29450.7960.5779-0.0933-0.06690.1279-0.0944-0.3089-0.0889-0.0187-0.2107-17.4047-20.3539-56.5617
31.3065-2.7873.510618.9171-8.39089.49540.30160.21520.6349-0.6782-0.4069-0.7085-1.23420.83170.10540.3082-0.1003-0.0504-0.2158-0.0076-0.00878.99654.0545-18.4468
40.683-4.6216-0.327764.599813.34783.87450.25830.19720.448-0.8303-1.09661.6984-1.0556-0.51040.83830.4018-0.0438-0.3446-0.15840.06640.21281.73345.1346-20.8041
517.183-13.27797.692512.8025-4.12456.91180.72330.8576-1.9864-1.7531-0.6473-0.17370.92030.2769-0.0760.4412-0.0593-0.1236-0.1897-0.07210.3257-8.7992-34.6475-53.7896
65.657-4.049-4.133938.11322.82383.0213-0.2855-0.2589-0.37451.8461-0.3175-1.98010.78420.16910.6030.28310.0766-0.2915-0.1729-0.0201-0.1319-8.0872-29.1904-45.388
73.41830.72870.623512.77652.68072.6386-0.20770.29410.855-0.69790.21211.98240.0325-0.2765-0.0044-0.2437-0.0255-0.2965-0.18650.16350.1114-19.0044-1.5714-49.4339
810.66642.2682-2.340314.06311.49356.38350.198-0.47070.46320.3502-0.08632.2706-0.3526-0.0976-0.1117-0.26930.0169-0.0243-0.29270.07710.1387-17.31684.3106-42.1757
96.45382.47671.60178.98191.62033.21520.02910.02580.6531-0.1873-0.05252.60910.2535-0.69260.0234-0.2147-0.0614-0.2505-0.05690.09930.5706-27.4927-6.5164-48.446
103.3331.38712.11472.5695-0.92444.1559-0.3554-0.30610.5544-1.12570.03441.1889-0.4446-0.88710.3210.2260.0656-0.40050.06970.0309-0.036-3.8491-16.5133-31.8618
115.8902-0.99673.401314.5297.50488.12840.4052-0.89851.107-0.14770.24221.1699-0.2506-0.4867-0.64750.04390.0988-0.42620.11250.07770.1021-6.1885-12.1801-34.29
121.2545-0.27090.725311.03910.66832.86390.04590.0323-0.11410.0138-0.09220.679-0.0492-0.08320.0463-0.44360.0482-0.0557-0.2354-0.0098-0.38623.8224-30.1594-20.0025
138.91560.75420.01178.92310.69186.42380.40150.4766-0.5138-1.0823-0.19411.65010.0797-0.7813-0.2074-0.22150.0243-0.2244-0.1899-0.0417-0.0394-2.3721-35.2255-25.4391
142.29381.43410.327211.09622.76295.97780.1765-0.16150.01761.191-0.63981.01880.5004-0.50530.4633-0.3261-0.07060.113-0.1825-0.0689-0.30980.7795-28.1014-11.398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AE6 - 1049 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2BF8 - 10411 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3CA1 - 51 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4DB1 - 51 - 5
5X-RAY DIFFRACTION5EC1 - 51 - 5
6X-RAY DIFFRACTION6FD1 - 71 - 7
7X-RAY DIFFRACTION7BF105 - 173108 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8BF174 - 216177 - 219
9X-RAY DIFFRACTION9BF217 - 289220 - 292
10X-RAY DIFFRACTION10DB6 - 116 - 11
11X-RAY DIFFRACTION11FD8 - 138 - 13
12X-RAY DIFFRACTION12AE105 - 173108 - 176
13X-RAY DIFFRACTION13AE174 - 216177 - 219
14X-RAY DIFFRACTION14AE217 - 292220 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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