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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r9i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative phage capsid protein domain from Corynebacterium diphtheriae | ||||||
![]() | Putative phage capsid protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Putative phage capsid domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Phage capsid / Phage capsid family / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Putative phage capsid protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of putative phage capsid protein domain from Corynebacterium diphtheriae. 著者: Wu, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 403.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 406.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15520.618 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain: Residues 1-138 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Corynebacterium diphtheriae / 株: NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP0205 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-tris propane pH 7.0, 3.5M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 5692 / Num. obs: 5692 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 80.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 46.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residues 73-138 are missing in coordinates due to lack of electron density
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.252 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 27.9599 Å / Origin y: 48.9035 Å / Origin z: 6.9054 Å
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