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万見
- PDB-2r8f: Crystal structure of H225A NSP2 and ATP-gS complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r8f
タイトルCrystal structure of H225A NSP2 and ATP-gS complex
要素Non-structural RNA-binding protein 35
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Rotavirus / NDP Kinase / non structural protein / NTPase / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate kinase activity / viral genome replication / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus NSP2 fragment, C-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2, N-terminal / Rotavirus NSP2, C-terminal / : / : / Rotavirus non-structural protein 35, C-terminal / Rotavirus non-structural protein 35, N-terminal / Rotavirus non-structural protein 2 ...Rotavirus NSP2 fragment, C-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2, N-terminal / Rotavirus NSP2, C-terminal / : / : / Rotavirus non-structural protein 35, C-terminal / Rotavirus non-structural protein 35, N-terminal / Rotavirus non-structural protein 2 / HIT family, subunit A / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / Non-structural protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Simian 11 rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kumar, M. / Prasad, B.V.V.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic and Biochemical Analysis of Rotavirus NSP2 with Nucleotides Reveals a Nucleoside Diphosphate Kinase-Like Activity
著者: Kumar, M. / Jayaram, H. / Vasquez-Del Carpio, R. / Jiang, X. / Taraporewala, Z.F. / Jacobson, R.H. / Patton, J.T. / Prasad, B.V.V.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Rotavirus protein involved in genome replication and packaging exhibits a HIT-like fold
著者: Jayaram, H. / Taraporewala, Z. / Patton, J.T. / Prasad, B.V.V.
履歴
登録2007年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural RNA-binding protein 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1693
ポリマ－36,5511
非ポリマー6182
水1,78399
1
A: Non-structural RNA-binding protein 35
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,35524
ポリマ－292,4108
非ポリマー4,94616
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area25770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.644, 108.644, 155.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Non-structural RNA-binding protein 35 / NSP2 / NS35 / NCVP3


分子量: 36551.191 Da / 分子数: 1 / 変異: H225A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian 11 rotavirus (serotype 3 / strain SA11-Ramig) (ウイルス)
生物種: Rotavirus A / 株: Ramig / 遺伝子: S8, SEGMENT 8 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q03243
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6-8% PEG 10000, 20mM Tris-HCl pH 7.5, 10-15mM nucleotide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9790903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9790903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 11836 / Num. obs: 11744 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.81 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.97 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1151 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1l9v

1l9v


解像度: 2.8→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2708 838 -random
Rwork0.2163 ---
all0.218 11836 --
obs-11718 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 36 99 2632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006927
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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