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万見
- PDB-2r84: Crystal structure of PurP from Pyrococcus furiosus complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r84
タイトルCrystal structure of PurP from Pyrococcus furiosus complexed with AMP and AICAR
要素PurP protein PF1517
キーワードUNKNOWN FUNCTION / ATP-grasp superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide ligase / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / 'de novo' IMP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
IMP biosynthesis enzyme PurP, C-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP, N-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP / Protein of unknown function (DUF1246) / Domain of unknown function (DUF1297) / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain ...IMP biosynthesis enzyme PurP, C-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP, N-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP / Protein of unknown function (DUF1246) / Domain of unknown function (DUF1297) / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / 5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and function of 5-formaminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide synthetase from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E.
履歴
登録2007年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PurP protein PF1517
B: PurP protein PF1517
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,53913
ポリマ－76,6962
非ポリマー1,84211
水11,241624
1
A: PurP protein PF1517
ヘテロ分子

A: PurP protein PF1517
ヘテロ分子

A: PurP protein PF1517
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,98521
ポリマ－115,0443
非ポリマー2,94118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area20210 Å2
手法PISA
2
B: PurP protein PF1517
ヘテロ分子

B: PurP protein PF1517
ヘテロ分子

B: PurP protein PF1517
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,63118
ポリマ－115,0443
非ポリマー2,58615
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.671, 123.671, 375.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-662-

HOH

21A-694-

HOH

31A-709-

HOH

41A-879-

HOH

51B-652-

HOH

61B-704-

HOH

71B-823-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 120 - 128 / Label seq-ID: 120 - 128

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological assembly is a hexamer or a trimer from the asymmetric unit by the operations: (x,y,z), (-y,x-y,z +(1 1 0)), (-x+y,-x,z)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PurP protein PF1517


分子量: 38348.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: T7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U0R7

-
非ポリマー , 6種, 635分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% MPD, 200 mM NaCl, 100 mM Tris, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 85987 / Num. obs: 85981 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.975.90.36581020.665194.4
1.97-2.0570.26784770.619199.4
2.05-2.147.20.20486030.85199.8
2.14-2.257.20.15685860.8081100
2.25-2.397.20.12585840.8331100
2.39-2.587.20.10386320.8641100
2.58-2.847.20.0886240.9331100
2.84-3.257.20.06287041.199199.9
3.25-4.097.10.05587202.094199.9
4.09-506.90.03789551.609199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2R7K

2r7k


解像度: 1.9→37.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.012 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 4365 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.175 85987 --
obs0.175 85981 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.777 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20.34 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5215 0 118 624 5957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0722.0077958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3345700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29623.741270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.298151013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5731544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0910.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3421.53443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66725637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.95832483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6714.52321
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A36MEDIUM POSITIONAL0.120.5
1B37LOOSE POSITIONAL0.525
2A36MEDIUM THERMAL0.782
2B37LOOSE THERMAL0.5710
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 303 -
Rwork0.228 5446 -
all-5749 -
obs--91.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25880.0217-0.080.1822-0.07640.42540.00640.04030.0123-0.02760.0140.0565-0.0015-0.0886-0.0204-0.0320.0058-0.012-0.00060.0127-0.007942.875940.011618.0795
20.5397-0.05820.19390.375-0.11630.7173-0.0017-0.10750.01890.08610.00240.0653-0.0287-0.1659-0.0007-0.02530.00220.02680.0236-0.0099-0.038643.165739.59975.835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 3341 - 334
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 3341 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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