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- PDB-2r72: Crystal structure of infectious bursal disease virus VP1 polymera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r72
タイトルCrystal structure of infectious bursal disease virus VP1 polymerase, incubated with Mg2+ ion.
要素INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS VP1 POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / IBDV / infectious bursal disease virus / birnavirus / VP1 / polymerase / magnesium / mg
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #80 / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain superfamily, Avibirnavirus / Infectious bursal virus vp1 polymerase fold / Infectious bursal virus vp1 polymerase domain / Helix Hairpins - #300 / Birnavirus RNA-directed RNA polymerase, palm domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, palm domain superfamily, Birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain superfamily, Birnavirus ...Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #80 / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain superfamily, Avibirnavirus / Infectious bursal virus vp1 polymerase fold / Infectious bursal virus vp1 polymerase domain / Helix Hairpins - #300 / Birnavirus RNA-directed RNA polymerase, palm domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, palm domain superfamily, Birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain superfamily, Birnavirus / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), palm domain / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), thumb domain / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), C-terminal / RdRp of Birnaviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Helix hairpin bin / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Garriga, D. / Navarro, A. / Querol-Audi, J. / Abaitua, F. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Activation mechanism of a noncanonical RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Garriga, D. / Navarro, A. / Querol-Audi, J. / Abaitua, F. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.
履歴
登録2007年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Sequence The sequence is not available in the UniProt database at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS VP1 POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7254
ポリマ－94,6521
非ポリマー733
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.838, 122.838, 354.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS VP1 POLYMERASE


分子量: 94651.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious bursal disease virus (ウイルス)
属: Avibirnavirus / 株: Soroa / 遺伝子: VP1 polymerase (segment B) / Cell (発現宿主): HighFive cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Q6Q5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG 3350, 0.4M LiNO3, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射モノクロメーター: si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→36.664 Å / Num. all: 27660 / Num. obs: 27660 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.15-3.324.20.3561.91675339620.35698.6
3.32-3.526.10.282.52300037470.2898.9
3.52-3.777.30.2023.32596435360.20298.8
3.77-4.077.30.1564.22437133340.15698.9
4.07-4.457.30.1255.12225730620.12598.7
4.45-4.987.20.1046.12012427840.10498.5
4.98-5.757.10.0976.51770224770.09798.1
5.75-7.0470.1036.21484121180.10397.9
7.04-9.966.60.0629.61114516790.06297.6
9.96-36.664.30.05510.341069610.05593.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PUS

2pus


解像度: 3.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 35.261 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.048 / ESU R Free: 0.362 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1393 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 27545 97.5 %-
all-27545 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.897 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0.17 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5915 0 3 3 5921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9621.9788231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7165760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26524.286245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.509151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0411533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.22734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.24184
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0450.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2791.53909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.50426139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44732456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8074.52092
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 112 -
Rwork0.29 1846 -
all-1958 -
obs--97.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.7939 Å / Origin y: -36.4306 Å / Origin z: 111.5113 Å
111213212223313233
T-0.1003 Å20.0865 Å20.1587 Å2--0.2445 Å20.1308 Å2---0.1129 Å2
L1.8178 °2-0.6313 °2-1.0612 °2-1.2136 °20.3366 °2--1.4871 °2
S0.071 Å °0.0715 Å °0.1311 Å °-0.2682 Å °-0.0248 Å °-0.2829 Å °-0.194 Å °0.1837 Å °-0.0462 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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