PDB-2r6u: Crystal structure of gene product RHA04853 from Rhodococcus sp. RHA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r6u

タイトル

Crystal structure of gene product RHA04853 from Rhodococcus sp. RHA1

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / RHA04853 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of gene product RHA04853 from Rhodococcus sp. RHA1.
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r6u.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r6u.ent.gz	94.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r6u_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r6u_full_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示
XML形式データ	2r6u_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	2r6u_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2gzx-2 1w1a-2 5g4w-d 2v06-d 6ouy-d 6ou1-2 1w1b-2 2art-d 4e7n-d 4qdz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7282

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

64.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.411, 89.048, 58.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

This protein existed as dimer. There are two dimers in the asymmtric unit: Mol.A/Mol.C, Mol.B/Mol.D

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 16116.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA04853, RHA1_ro04536 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0S814
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized protein

分子量: 16116.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA04853, RHA1_ro04536 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0S814

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na(OAC), 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→58.72 Å / Num. all: 80327 / Num. obs: 79299 / % possible obs: 98.72 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 32.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.538 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique all: 5882 / % possible all: 88.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→58.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.327 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.077
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21076	4173	5 %	RANDOM
R_work	0.17614	-	-	-
all	0.17786	79299	-	-
obs	0.17786	79299	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.334 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.043 Å	0.035 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→58.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3875	0	0	667	4542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.948	5398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.91	3	6414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.404	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.39	23.69	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.323	15	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.29	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.178	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.235	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.458	1.5	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.237	1.5	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.518	2	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.567	3	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.487	4.5	1359

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	276	-
R_work	0.217	5208	-
obs	-	5484	88.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.877 Å / Origin y: 34.26 Å / Origin z: 45.823 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0593 Å²	0.0034 Å²	-0.0147 Å²	-	-0.0632 Å²	0.0084 Å²	-	-	-0.0303 Å²
L	0.9814 °²	0.0082 °²	-0.1704 °²	-	0.3909 °²	0.0899 °²	-	-	0.4409 °²
S	-0.0394 Å °	-0.0019 Å °	-0.0538 Å °	-0.0095 Å °	0.007 Å °	0.0394 Å °	0.0011 Å °	-0.0167 Å °	0.0325 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-4 - 55	17 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	56 - 125	77 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 55	22 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	56 - 125	77 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	-1 - 55	20 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	56 - 124	77 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	-5 - 55	16 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	56 - 125	77 - 146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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