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万見
- PDB-2r6h: Crystal structure of the domain comprising the NAD binding and th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6h
タイトルCrystal structure of the domain comprising the NAD binding and the FAD binding regions of the NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit from Porphyromonas gingivalis
要素NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta-alpha sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Ubiquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kim, Y. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Domain Comprising the Regions Binding NAD and FAD from the NADH:Ubiquinone Oxidoreductase, Na Translocating, F Subunit from Porphyromonas gingivalis.
著者: Kim, Y. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
B: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
C: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
D: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,47719
ポリマ－135,2784
非ポリマー4,19915
水4,576254
1
A: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8935
ポリマ－33,8191
非ポリマー1,0744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7974
ポリマ－33,8191
非ポリマー9783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9896
ポリマ－33,8191
非ポリマー1,1705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7974
ポリマ－33,8191
非ポリマー9783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.681, 175.681, 244.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細Authors state that the biological unit is unknown.

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要素

#1: タンパク質
NADH:ubiquinone oxidoreductase, Na translocating, F subunit


分子量: 33819.438 Da / 分子数: 4 / 断片: The NAD and FAD binding region: Residues 126-412 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: nqrF, PG_2177 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic
参照: UniProt: Q7MT22, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→47.54 Å / Num. all: 40721 / Num. obs: 40721 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.5 % / Rsym value: 0.179 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 16.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3999 / Rsym value: 0.736 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→47.54 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3824 10.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.221 34054 --
obs0.221 34054 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→47.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9277 0 267 254 9798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.85
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 283 -
Rwork0.297 --
obs-2777 94.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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