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万見
- PDB-2r6e: Crystal Form B2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6e
タイトルCrystal Form B2
要素Replicative helicase
キーワードREPLICATION / Helicase / Replication DnaB / Hexameric
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / isomerase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / isomerase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase DnaB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 5.019 Å
データ登録者Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of hexameric DnaB helicase and its complex with a domain of DnaG primase
著者: Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5914
ポリマ－101,3992
非ポリマー1922
水00
1
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
ヘテロ分子

A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
ヘテロ分子

A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,77312
ポリマ－304,1976
非ポリマー5766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.797, 199.797, 195.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Replicative helicase / DnaB Helicase


分子量: 50699.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DnaB / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4C9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 2.5M Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→25 Å / Num. obs: 6233 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 5→5.18 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 471 / Rsym value: 0.533 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 5.019→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 492.884 / SU ML: 4.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.056 / ESU R Free: 2.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3972 297 4.8 %RANDOM
Rwork0.39341 ---
all0.39358 5879 --
obs0.39358 5879 95.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--35.72 Å2-17.86 Å20 Å2
2---35.72 Å20 Å2
3---53.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.019→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5980 0 10 0 5990
LS精密化 シェル解像度: 5.019→5.141 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 20 -
Rwork0.483 310 -
obs--73.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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