PDB-2r6d: Crystal Form B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r6d

タイトル

Crystal Form B1

要素

Replicative helicase

キーワード

REPLICATION / Helicase / Replication DnaB / Hexameric

機能・相同性

機能・相同性情報

primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of hexameric DnaB helicase and its complex with a domain of DnaG primase
著者: Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2007年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2r6d.ent.gz	355.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2r6d_full_validation.pdf.gz	570.4 KB	表示
XML形式データ	2r6d_validation.xml.gz	84.2 KB	表示
CIF形式データ	2r6d_validation.cif.gz	112.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r6aC 2r6cC 2r6eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vye-1 0362 2vyf-1 0363 1xpr-d 6izq-5 4esv-1 4esv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Replicative helicase

B: Replicative helicase

C: Replicative helicase

D: Replicative helicase

E: Replicative helicase

F: Replicative helicase

304 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	371.260, 110.295, 112.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	10 - 149	10 - 149
2	1	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	10 - 149	10 - 149
3	1	PRO	PRO	GLU	GLU	C	C	10 - 149	10 - 149
4	1	PRO	PRO	GLU	GLU	D	D	10 - 149	10 - 149
5	1	PRO	PRO	GLU	GLU	E	E	10 - 149	10 - 149
6	1	PRO	PRO	GLU	GLU	F	F	10 - 149	10 - 149
1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	186 - 441	186 - 441
2	2	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	186 - 441	186 - 441
3	2	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	186 - 441	186 - 441
4	2	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	186 - 441	186 - 441
5	2	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	186 - 441	186 - 441
6	2	ILE	ILE	LEU	LEU	F	F	186 - 441	186 - 441

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Replicative helicase / DnaB Helicase 分子量: 50699.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: DnaB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4C9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 1.0M Ammonium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.005 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 92787 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 8286 / R_sym value: 0.59 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 126.82 / SU ML: 0.848 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.762
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32228	2501	5.1 %	RANDOM
R_work	0.30897	-	-	-
all	0.30966	46513	-	-
obs	0.30966	46513	98.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 177.291 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-13.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18085	0	0	0	18085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	18282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.98	24693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.595	5	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.594	24.553	817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.33	15	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.82	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.185	0.2	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	8505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	12387
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.505	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.799	3	11991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.256	4	18746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.512	6	6943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.382	9	5947

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1077	medium positional	0.68	0.5
1	2	B	1077	medium positional	0.36	0.5
1	3	C	1077	medium positional	0.42	0.5
1	4	D	1077	medium positional	0.41	0.5
1	5	E	1077	medium positional	0.36	0.5
1	6	F	1077	medium positional	0.42	0.5
2	1	A	1796	medium positional	0.17	0.5
2	2	B	1796	medium positional	0.15	0.5
2	3	C	1796	medium positional	0.13	0.5
2	4	D	1796	medium positional	0.14	0.5
2	5	E	1796	medium positional	0.11	0.5
2	6	F	1796	medium positional	0.13	0.5
1	1	A	1077	medium thermal	0.45	2
1	2	B	1077	medium thermal	0.5	2
1	3	C	1077	medium thermal	0.5	2
1	4	D	1077	medium thermal	0.4	2
1	5	E	1077	medium thermal	0.37	2
1	6	F	1077	medium thermal	0.43	2
2	1	A	1796	medium thermal	0.48	2
2	2	B	1796	medium thermal	0.44	2
2	3	C	1796	medium thermal	0.3	2
2	4	D	1796	medium thermal	0.29	2
2	5	E	1796	medium thermal	0.29	2
2	6	F	1796	medium thermal	0.29	2

LS精密化シェル

解像度: 3.7→3.793 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	158	-
R_work	0.36	2929	-
obs	-	-	87.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5716	0.3517	-3.4146	6.2636	-2.4888	16.2508	-0.0602	0.0893	-0.7219	-0.5281	-0.2525	-0.3271	1.116	0.3276	0.3127	-1.0753	0.2768	0.2079	-0.5521	0.1252	-0.7905	61.5959	-20.3194	-57.2402
2	3.5573	-0.6949	1.3329	11.2948	-3.5283	5.5908	-0.1651	-0.4579	0.1175	0.7402	-0.13	-1.1975	0.0793	0.6423	0.2951	-1.171	0.1775	0.4834	-0.3235	-0.0619	-0.3427	80.0268	21.2539	-46.6512
3	9.9189	-10.1449	-7.2625	15.344	9.1054	8.0185	0.0818	-0.1874	0.1206	-0.5561	-0.1968	0.5508	-0.4975	-0.1399	0.115	-1.3165	0.1367	0.2085	-0.5018	0.0717	-0.7496	45.0793	11.9374	-50.1583
4	8.1295	-0.5604	-0.8452	7.4368	4.3171	10.4833	-0.168	-0.23	-0.5891	1.2014	0.1495	-0.6166	0.1156	0.4427	0.0185	-0.9417	0.123	0.1771	-0.6889	0.1718	-0.6029	64.0782	43.9955	-21.8413
5	9.3467	-7.5344	-3.4711	15.0291	4.3108	5.578	0.5268	0.0706	0.0046	-0.3991	-0.0239	0.1004	-1.1587	0.0182	-0.5029	-1.5251	0.3474	0.136	-0.278	0.0734	-0.4689	17.8245	41.7564	-30.6586
6	9.4645	3.4361	-1.8938	10.7752	-1.5731	14.2185	-0.1708	-0.2813	0.0331	-0.1059	0.7087	0.5788	1.0062	-0.0334	-0.5379	-0.1374	0.1229	0.0398	-0.6795	0.2248	-0.5085	41.3629	37.2892	6.0831
7	0.627	-1.9557	2.0917	21.2048	-11.2338	8.4464	0.0184	0.0378	-0.1259	0.3515	0.2997	0.49	0.3675	-0.4818	-0.3181	-1.2019	0.3613	0.3164	-0.4073	0.0425	-0.1145	15.3033	14.701	-5.3478
8	7.264	-1.5051	1.9425	10.0841	-1.1199	10.158	-0.2144	0.4116	-0.0142	0.1451	-0.0345	-0.1956	-0.648	0.7356	0.2489	0.0582	0.1056	0.2111	-0.6015	0.2288	-0.8908	48.5942	3.0536	21.6315
9	3.4516	-1.6516	1.7437	18.8669	-4.8986	7.1292	-0.231	-0.5673	-0.3129	1.119	0.4551	1.1161	0.4152	-0.5352	-0.224	-0.6573	0.1678	0.7427	-0.4025	0.2997	-0.3715	22.1409	-25.6458	13.2327
10	14.3848	-1.461	1.4447	7.0275	-1.6072	8.7704	-0.4457	-0.4544	0.9671	0.1374	0.009	-0.7082	-0.0823	0.4222	0.4367	0.7421	0.2954	-0.1764	0.2832	0.0434	-0.13	78.1362	-19.5925	-0.1571
11	3.6208	0.2702	-6.1198	4.9713	-3.4745	18.2678	-0.0208	0.0487	0.1371	0.1002	-0.1353	0.165	-0.7212	0.0576	0.1561	-0.8495	0.1418	0.2165	-0.7502	0.1958	-0.9001	44.9036	-28.3208	-16.1641
12	4.0518	0.7416	-0.1502	9.0915	-1.1907	11.5427	-0.0113	-1.7524	0.2222	1.1594	0.0287	-0.7633	-0.108	-0.1285	-0.0174	-0.7008	0.2372	0.2241	0.0324	0.0036	-0.1926	90.4801	-8.0921	-35.7702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	180 - 441
3	X-RAY DIFFRACTION	2	F	160 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	10 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	183 - 441
6	X-RAY DIFFRACTION	4	C	160 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	10 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	6	C	183 - 441
9	X-RAY DIFFRACTION	7	D	10 - 149
10	X-RAY DIFFRACTION	8	D	183 - 441
11	X-RAY DIFFRACTION	8	E	160 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	9	E	10 - 149
13	X-RAY DIFFRACTION	10	E	183 - 441
14	X-RAY DIFFRACTION	11	F	10 - 149
15	X-RAY DIFFRACTION	12	F	183 - 441
16	X-RAY DIFFRACTION	12	A	160 - 174

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)