[日本語] English
万見
- PDB-2r6c: Crystal Form BH2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6c
タイトルCrystal Form BH2
要素
  • DnaG Primase, Helicase Binding Domain
  • Replicative helicase
キーワードREPLICATION / Helicase / Primase / dnaB / dnaG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / DNA primase activity / DNA 5'-3' helicase / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / isomerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...DNA primase DnaG / DNA primase activity / DNA 5'-3' helicase / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / isomerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #360 / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain ...Helix Hairpins - #360 / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / : / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / TOPRIM / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase DnaB / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4 Å
データ登録者Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of hexameric DnaB helicase and its complex with a domain of DnaG primase
著者: Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: Replicative helicase
D: Replicative helicase
E: Replicative helicase
F: Replicative helicase
G: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
H: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
I: DnaG Primase, Helicase Binding Domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,5869
ポリマ－354,5869
非ポリマー00
水00
1
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: Replicative helicase
D: Replicative helicase
E: Replicative helicase
F: Replicative helicase
G: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
H: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
I: DnaG Primase, Helicase Binding Domain

A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: Replicative helicase
D: Replicative helicase
E: Replicative helicase
F: Replicative helicase
G: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
H: DnaG Primase, Helicase Binding Domain
I: DnaG Primase, Helicase Binding Domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)709,17218
ポリマ－709,17218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area42590 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area241290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.775, 228.775, 192.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22B
32C
42D
52E
62F
13G
23H
33I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA15 - 14915 - 149
21GLUGLUBB15 - 14915 - 149
31GLUGLUCC15 - 14915 - 149
41GLUGLUDD15 - 14915 - 149
51GLUGLUEE15 - 14915 - 149
61GLUGLUFF15 - 14915 - 149
12ILELEUAA186 - 441186 - 441
22ILELEUBB186 - 441186 - 441
32ILELEUCC186 - 441186 - 441
42ILELEUDD186 - 441186 - 441
52ILELEUEE186 - 441186 - 441
62ILELEUFF186 - 441186 - 441
13LEUMSEGG456 - 5932 - 139
23LEUMSEHH456 - 5932 - 139
33LEUMSEII456 - 5932 - 139

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Replicative helicase / DnaB Helicase


分子量: 50699.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DnaB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4C9
#2: タンパク質 DnaG Primase, Helicase Binding Domain / E.C.2.7.7.-


分子量: 16796.490 Da / 分子数: 3 / Fragment: Helicase Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DnaG / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9X4D0, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.5M Sodium Succinate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月26日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→20 Å / Num. obs: 95194 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 9534 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / SU B: 142.22 / SU ML: 0.91 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.99
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34375 2218 5 %RANDOM
Rwork0.32023 ---
obs0.32139 42380 90.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 166.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.99 Å2-2.5 Å20 Å2
2---4.99 Å20 Å2
3---7.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19920 0 0 0 19920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02220154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.98227216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.83352529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90624.29909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.827153705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.09615174
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2240.23219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2730.29678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.213704
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.260.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3260.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.912313155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.256420484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64167781
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.11796732
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1045medium positional0.140.5
12B1045medium positional0.150.5
13C1045medium positional0.160.5
14D1045medium positional0.160.5
15E1045medium positional0.160.5
16F1045medium positional0.150.5
21A1695medium positional0.130.5
22B1695medium positional0.110.5
23C1695medium positional0.140.5
24D1695medium positional0.140.5
25E1695medium positional0.130.5
26F1695medium positional0.190.5
31G1122medium positional0.110.5
32H1122medium positional0.110.5
33I1122medium positional0.110.5
11A1045medium thermal0.412
12B1045medium thermal0.42
13C1045medium thermal0.412
14D1045medium thermal0.432
15E1045medium thermal0.392
16F1045medium thermal0.382
21A1695medium thermal0.282
22B1695medium thermal0.242
23C1695medium thermal0.342
24D1695medium thermal0.252
25E1695medium thermal0.272
26F1695medium thermal0.32
31G1122medium thermal0.32
32H1122medium thermal0.332
33I1122medium thermal0.342
LS精密化 シェル解像度: 4→4.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 123 -
Rwork0.34 2504 -
obs--74.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.216-9.8503-0.488210.80691.05535.7913-0.0443-0.17310.3261-0.14580.1320.08450.2509-0.1537-0.0877-0.89680.06070.0013-1.3569-0.1021-0.987479.7394-50.64025.6586
29.70863.47851.44689.2872-1.89878.2092-0.2073-1.43010.00170.0795-0.09430.07530.0330.1760.3015-0.6730.17250.0741-0.30790.1274-0.8075106.2524-29.230541.5065
34.0914.07851.470822.87620.00170.64280.1729-0.19850.83250.1712-0.05960.3572-0.36360.127-0.1132-0.76030.09520.3389-1.0054-0.0619-0.7315100.6263-20.05267.6522
48.24251.23761.85378.8896-1.516210.72060.1329-0.0266-0.0043-0.2288-0.19330.54740.41590.38540.0604-0.52460.22940.08950.33510.1301-0.4335110.071211.712741.9891
521.62496.94443.43765.22450.7656.87620.21490.27560.46020.0087-0.0493-0.3838-0.2650.2467-0.1656-1.20330.0764-0.0106-1.11840.055-0.911330.767613.65885.3514
66.5638-0.4908-1.703612.75280.386110.21510.1323-0.80530.06171.0547-0.0911-0.40790.06680.1975-0.0412-0.7599-0.0171-0.0369-0.558-0.0632-1.120236.063-12.039140.4308
715.2482-8.73650.20410.798-1.60361.15230.2113-0.54690.420.05840.0194-0.87790.2310.3227-0.2307-1.09890.0336-0.1434-0.8445-0.1196-1.034546.9719-19.63977.012
88.51360.3798-2.03627.4695-0.141511.05570.1928-0.12840.2427-0.1001-0.0955-0.29520.2266-0.8805-0.0973-0.0774-0.39030.0842-0.20450.0679-1.023868.8966-41.040442.1331
93.36542.0945-1.026321.3932-1.54976.4222-0.13250.2528-0.52220.26140.22780.04790.20490.274-0.0953-1.2176-0.1010.15-0.94270.001-0.6758111.070523.82935.0748
1010.5732-1.80270.29277.00590.97519.5616-0.2932-0.6625-0.35450.87490.1576-0.0239-0.01280.15410.1357-0.57550.00220.027-0.59660.0785-0.838981.973539.179739.9456
1120.44575.9057-0.48824.08760.50491.34690.0682-0.1534-0.64060.25050.02990.17570.2811-0.2424-0.0981-1.0198-0.16750.0741-0.88920.0802-0.630374.050426.25726.9168
129.52272.6358-0.97038.00391.09837.8650.02620.0778-0.26020.1994-0.2107-0.8459-1.17632.33820.18450.1383-0.27350.120.78330.0347-0.654945.021125.328143.4715
1319.1219-3.422-0.866216.45390.347112.95520.22651.05261.1912-0.77380.34-2.0797-1.49781.8747-0.5665-0.69470.01470.4673-0.0294-0.0427-0.4715126.7259-35.3277-2.0472
1423.58786.9731-4.21726.205610.52516.4934-0.20561.5461-0.81190.84571.4494-1.3346-0.22432.3847-1.2438-0.0967-0.00140.0898-0.6218-0.0583-0.4933103.7381-59.6709-4.9753
1517.67315.1163.727718.33167.260918.80990.38150.2367-1.705-0.34280.2676-0.26192.11640.3888-0.649-0.5547-0.0755-0.1903-0.8771-0.0832-0.992521.4748-34.5506-4.3782
1618.5692-4.898710.940730.1195-1.59446.5040.4037-0.434-0.9665-2.0371.02610.96142.3599-0.54-1.4298-0.57720.10360.0769-0.6532-0.1742-0.533311.2468-2.6006-6.242
1716.0638-0.77083.267819.6631-2.263615.62890.66490.95021.8532-0.49230.09381.3886-0.8893-2.2999-0.7587-0.70350.24780.1799-0.37670.4445-0.031973.918856.0274-4.3368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 14915 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2AA186 - 441186 - 441
3X-RAY DIFFRACTION3BB15 - 14915 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4BB186 - 441186 - 441
5X-RAY DIFFRACTION5CC15 - 14915 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6CC186 - 441186 - 441
7X-RAY DIFFRACTION7DD15 - 14915 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8DD186 - 441186 - 441
9X-RAY DIFFRACTION9EE15 - 14915 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10EE186 - 441186 - 441
11X-RAY DIFFRACTION11FF15 - 14915 - 149
12X-RAY DIFFRACTION12FF186 - 441186 - 441
13X-RAY DIFFRACTION13GG461 - 5557 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14GG556 - 593102 - 139
15X-RAY DIFFRACTION15HH461 - 5557 - 101
16X-RAY DIFFRACTION16HH556 - 593102 - 139
17X-RAY DIFFRACTION17II461 - 5557 - 101

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る