[日本語] English
万見
- PDB-2r5t: Crystal Structure of Inactive Serum and Glucocorticoid- Regulated... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r5t
タイトルCrystal Structure of Inactive Serum and Glucocorticoid- Regulated Kinase 1 in Complex with AMP-PNP
要素Serine/threonine-protein kinase Sgk1
キーワードTRANSFERASE / AGC Protein Kinase / Apoptosis / ATP-binding / Cytoplasm / Endoplasmic reticulum / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphorylation / Serine/threonine-protein kinase / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / regulation of catalytic activity / regulation of gastric acid secretion / cellular response to aldosterone / Transcriptional Regulation by MECP2 / renal sodium ion absorption / NGF-stimulated transcription / regulation of DNA-binding transcription factor activity / chloride channel regulator activity / sodium ion transport ...positive regulation of transporter activity / regulation of catalytic activity / regulation of gastric acid secretion / cellular response to aldosterone / Transcriptional Regulation by MECP2 / renal sodium ion absorption / NGF-stimulated transcription / regulation of DNA-binding transcription factor activity / chloride channel regulator activity / sodium ion transport / neuron projection morphogenesis / sodium channel regulator activity / long-term memory / potassium channel regulator activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of cell migration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / calcium channel regulator activity / regulation of cell growth / Stimuli-sensing channels / regulation of blood pressure / Regulation of TP53 Degradation / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase Sgk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhao, B. / Lehr, R. / Smallwood, A.M. / Ho, T.F. / Maley, K. / Randall, T. / Head, M.S. / Koretke, K.K. / Schnackenberg, C.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the kinase domain of serum and glucocorticoid-regulated kinase 1 in complex with AMP PNP.
著者: Zhao, B. / Lehr, R. / Smallwood, A.M. / Ho, T.F. / Maley, K. / Randall, T. / Head, M.S. / Koretke, K.K. / Schnackenberg, C.G.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9304
ポリマ－42,3031
非ポリマー6273
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk1
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase Sgk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8608
ポリマ－84,6072
非ポリマー1,2536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
Buried area4950 Å2
手法PISA
3
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk1
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase Sgk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8608
ポリマ－84,6072
非ポリマー1,2536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area4270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.873, 97.873, 147.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-700-

SO4

21A-854-

HOH

31A-887-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Sgk1 / Serum/glucocorticoid-regulated kinase 1


分子量: 42303.320 Da / 分子数: 1 / 変異: S74A, S78A, S397A, S401A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGK, SGK1 / 発現宿主: baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: O00141, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, LiSO4, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 32802 / Num. obs: 32800 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.2 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 53.9
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 16.2 % / Mean I/σ(I) obs: 53.9 / Num. unique all: 29141 / Rsym value: 0.056 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0006精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.572 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1825 5.9 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 30966 92.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.46 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2267 0 37 207 2511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.9773222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5655282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1423.832107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80815380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6021510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21595
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3420.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.51457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84722279
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.40231040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0664.5943
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 134 -
Rwork0.237 1739 -
all-1873 -
obs--76.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.43953.06576.993914.1581-3.39286.6585-0.15880.98781.3982-0.39330.5930.9559-1.1232-0.3986-0.43420.3903-0.233-0.03870.06620.11850.123134.992551.628675.1701
26.5349-3.6486-5.43937.977616.732519.7595-0.2702-0.1481-0.1895-2.14591.2621-2.0788-0.82771.9062-0.99190.3396-0.40740.0860.19420.00810.249346.678945.61965.5231
324.7549-7.1715-5.35693.14525.073212.774-0.13012.11010.6168-1.1480.15570.3688-1.337-0.5339-0.02560.6287-0.47510.04980.27040.05920.141635.294637.124461.6544
455.553219.05-8.099113.3946-4.664616.6522-0.459-0.6319-0.0677-0.1309-0.0483-1.9120.26731.18160.50720.3787-0.32530.0830.2141-0.14880.329350.21839.572769.1961
515.2552-11.30598.444120.2311-8.72029.09450.09340.64970.6555-0.9441-0.10641.43170.2758-0.84620.01310.5579-0.4342-0.14770.28890.03190.197730.645746.876163.5591
61.83761.2111-1.32168.84944.63074.7099-0.0160.21380.1511-0.3590.21210.1288-0.9119-0.0463-0.19610.2036-0.2526-0.0016-0.07130.0151-0.139432.097637.910779.2753
75.17362.5476-1.28618.53343.97396.1-0.51930.59420.4603-1.61110.8108-0.1596-1.03810.0845-0.29150.507-0.43310.01020.1033-0.009-0.084639.055244.330769.3109
80.98730.3742-0.73224.08621.82023.87250.09050.00620.0361-0.3652-0.0416-0.1973-0.79520.5129-0.049-0.0584-0.156-0.0311-0.13380.0152-0.168230.535324.871174.6616
95.40343.9424.843812.81499.696515.1698-0.4922-0.90461.6343-0.9766-0.1681-0.0935-3.082-0.35490.66030.50850.0116-0.14670.0869-0.2050.358120.07236.972360.8787
100.8837-0.00110.50831.4769-0.12544.6442-0.0219-0.06970.05870.1938-0.08250.0041-0.49640.04950.1044-0.1611-0.0272-0.0266-0.2307-0.004-0.148919.682820.770775.488
1113.1465-9.39748.18586.7175-5.85145.097-0.19811.7776-0.9955-0.78740.53351.4841-1.69610.4932-0.33540.5389-0.4663-0.02210.1309-0.02860.051532.801333.491766.3851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA82 - 9024 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2AA91 - 10233 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3AA103 - 11445 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4AA115 - 12557 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5AA126 - 13568 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6AA149 - 16191 - 103
7X-RAY DIFFRACTION7AA162 - 179104 - 121
8X-RAY DIFFRACTION8AA180 - 243122 - 185
9X-RAY DIFFRACTION9AA244 - 258186 - 200
10X-RAY DIFFRACTION10AA259 - 378201 - 320
11X-RAY DIFFRACTION11AD5001

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る