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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r5r | ||||||
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タイトル | The crystal structure of DUF198 from Nitrosomonas europaea ATCC 19718 | ||||||
![]() | UPF0343 protein NE1163 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC86493 / DUF198 / Nitrosomonas europaea ATCC 19718 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Wu, R. / Nocek, B. / Bigelow, L. / Patterson, S. / Freeman, L. / Bargassa, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of DUF198 from Nitrosomonas europaea ATCC 19718. 著者: Tan, K. / Wu, R. / Nocek, B. / Bigelow, L. / Patterson, S. / Freeman, L. / Bargassa, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that the biological unit is experimentally unknown. From molecular packing, it seems to be a tetramer, generated from symmetry operators given in remark 350. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31201.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: NE1163 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.66 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 1.6M NaH2PO4/0.4M K2HPO4, 0.1M Phosphate-Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月30日 / 詳細: mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.05→38.87 Å / Num. all: 9363 / Num. obs: 9363 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 17.4 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 846 / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.918 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→38.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.05→3.13 Å / Total num. of bins used: 20
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