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万見
- PDB-2r5i: Pentamer Structure of Major Capsid Protein L1 of Human Papilloma ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r5i
タイトルPentamer Structure of Major Capsid Protein L1 of Human Papilloma Virus type 18
要素L1 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HPV18 / pentamer / type specific epitope / capsid / Capsid protein / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1 / Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bishop, B. / Dasgupta, J. / Chen, X.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of four types of human papillomavirus L1 capsid proteins: understanding the specificity of neutralizing monoclonal antibodies.
著者: Bishop, B. / Dasgupta, J. / Klein, M. / Garcea, R.L. / Christensen, N.D. / Zhao, R. / Chen, X.S.
履歴
登録2007年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L1 protein
B: L1 protein
C: L1 protein
D: L1 protein
E: L1 protein
F: L1 protein
G: L1 protein
H: L1 protein
I: L1 protein
J: L1 protein
K: L1 protein
L: L1 protein
M: L1 protein
N: L1 protein
O: L1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)713,86815
ポリマ－713,86815
非ポリマー00
水00
1
A: L1 protein
B: L1 protein
C: L1 protein
D: L1 protein
E: L1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,9565
ポリマ－237,9565
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36990 Å2
手法PISA
2
F: L1 protein
G: L1 protein
H: L1 protein
I: L1 protein
J: L1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,9565
ポリマ－237,9565
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37200 Å2
手法PISA
3
K: L1 protein
L: L1 protein
M: L1 protein
N: L1 protein
O: L1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,9565
ポリマ－237,9565
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.161, 105.039, 235.749
Angle α, β, γ (deg.)87.56, 85.66, 68.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 20 - 475 / Label seq-ID: 1 - 428

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2OO

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要素

#1: タンパク質
L1 protein


分子量: 47591.188 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 18 / 遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80B70, UniProt: P06794*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 98881 / 冗長度: 3.55 % / Rsym value: 19.6 / Net I/σ(I): 4.4

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 30.746 / SU ML: 0.503 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.657 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26016 4995 5.1 %RANDOM
Rwork0.21383 ---
obs0.21619 93692 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å2-2.84 Å2-0.97 Å2
2--6.31 Å2-2.11 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49845 0 0 0 49845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0410.02251120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7611.9569525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.05356315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.12324.4382400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.953158175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.34915255
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.27500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0239645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2810.223191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3540.235641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.21496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4060.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3380.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5151.532426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.663251195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.875321865
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4924.518330
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3323 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.165
loose thermal2.3210
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 345 -
Rwork0.26 6865 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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