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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r47 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MTH_862 protein of unknown function from Methanothermobacter thermautotrophicus | ||||||
要素 | Uncharacterized protein MTH_862 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC5901 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterised conserved protein UCP004962 / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2124) / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein MTH_862 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of MTH_862 protein of unknown function from Methanothermobacter thermautotrophicus. 著者: Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2r47.cif.gz | 176.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2r47.ent.gz | 152 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2r47.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2r47_validation.pdf.gz | 481.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2r47_full_validation.pdf.gz | 498.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2r47_validation.xml.gz | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2r47_validation.cif.gz | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r47 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Authors state that the biological unit assembly is a putative dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17278.672 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: MTH_862 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26950 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.46 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2 M Ammonium sulfate, 0.2 M Sodium/potassium tartrate, 0.1 M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→34.8 Å / Num. all: 106479 / Num. obs: 106479 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 8030 / Χ2: 1.007 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.88→34.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.435 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.291 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→34.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→1.925 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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