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Yorodumi- PDB-2r47: Crystal structure of MTH_862 protein of unknown function from Met... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2r47 | ||||||
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Title | Crystal structure of MTH_862 protein of unknown function from Methanothermobacter thermautotrophicus | ||||||
Components | Uncharacterized protein MTH_862 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC5901 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Uncharacterised conserved protein UCP004962 / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2124) / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein MTH_862 Function and homology information | ||||||
Biological species | Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of MTH_862 protein of unknown function from Methanothermobacter thermautotrophicus. Authors: Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2r47.cif.gz | 176.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2r47.ent.gz | 152 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2r47.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2r47_validation.pdf.gz | 481.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2r47_full_validation.pdf.gz | 498.8 KB | Display | |
Data in XML | 2r47_validation.xml.gz | 37.6 KB | Display | |
Data in CIF | 2r47_validation.cif.gz | 53 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r47 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Authors state that the biological unit assembly is a putative dimer |
-Components
#1: Protein | Mass: 17278.672 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) Strain: Delta H / Gene: MTH_862 / Plasmid: pET15b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O26950 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.78 Å3/Da / Density % sol: 67.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 2 M Ammonium sulfate, 0.2 M Sodium/potassium tartrate, 0.1 M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2006 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→34.8 Å / Num. all: 106479 / Num. obs: 106479 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.93 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 8030 / Χ2: 1.007 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.88→34.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.435 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.291 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→34.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.88→1.925 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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