[日本語] English
万見
- PDB-2r1t: dopamine quinone conjugation to DJ-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r1t
タイトルdopamine quinone conjugation to DJ-1
要素(DJ-1) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / DJ-1 / dopamine quinone conjugation / isopeptidase / SUMO-1 / Chaperone / Cytoplasm / Disease mutation / Nucleus / Oncogene / Oxidation / Parkinson disease / Phosphorylation / Polymorphism / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / : / : / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / : / : / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / : / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / detection of oxidative stress / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / hydrogen peroxide metabolic process / mercury ion binding / methylglyoxal metabolic process / protein deglycase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / lactate biosynthetic process / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein repair / peptidase inhibitor activity / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cellular detoxification of aldehyde / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / negative regulation of protein sumoylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of androgen receptor signaling pathway / membrane hyperpolarization / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / oxygen sensor activity / insulin secretion / androgen receptor signaling pathway / nuclear androgen receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / cuprous ion binding / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of protein ubiquitination / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of interleukin-8 production / adult locomotory behavior / adherens junction / mitochondrion organization / centriole / positive regulation of protein-containing complex assembly / Late endosomal microautophagy / PML body / mitochondrial intermembrane space / positive regulation of protein localization to nucleus / autophagy / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / enzyme activator activity / kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / synaptic vesicle / peptidase activity / glucose homeostasis / cell body / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / response to oxidative stress / scaffold protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhongtao, Z. / Yue, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: DJ-1 is a proisopeptidase
著者: Zhongtao, Z. / Yue, F.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DJ-1
B: DJ-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4292
ポリマ－39,4292
非ポリマー00
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.468, 75.468, 75.504
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 19638.703 Da / 分子数: 1 / 変異: C106A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q99497
#2: タンパク質 DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 19789.865 Da / 分子数: 1 / 変異: C106A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q99497
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 29% PEG4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 52928 / Num. obs: 52340 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 20

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.668 / Packing: 0.524
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation3 Å15 Åfast direct74.7 0
Translation3.5 Å15 Ågeneral65.6 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-3000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→21.79 Å / FOM work R set: 0.884 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 3752 7.1 %
Rwork0.208 --
obs-37025 70 %
溶媒の処理Bsol: 61.978 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 25.176 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.871 Å2-2.847 Å20 Å2
2---3.871 Å20 Å2
3---7.742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 0 417 3178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1532
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2012.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_DYS.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る