PDB-2r15: Crystal structure of the myomesin domains 12 and 13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r15

タイトル

Crystal structure of the myomesin domains 12 and 13

要素

Myomesin-1

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / SARCOMERIC PROTEIN / IG-LIKE DOMAINS / HOMODIMER / Immunoglobulin domain / Muscle protein / Thick filament

機能・相同性

機能・相同性情報

extraocular skeletal muscle development / striated muscle myosin thick filament / protein kinase A signaling / M band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / positive regulation of protein secretion / kinase binding / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Pinotsis, N. / Wilmanns, M. / Lange, S.

引用

ジャーナル: EMBO J / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of the C-terminal tail-to-tail assembly of the sarcomeric filament protein myomesin.
著者: Nikos Pinotsis / Stephan Lange / Jean-Claude Perriard / Dmitri I Svergun / Matthias Wilmanns /

要旨: Sarcomeric filament proteins display extraordinary properties in terms of protein length and mechanical elasticity, requiring specific anchoring and assembly mechanisms. To establish the molecular ...

履歴

登録	2007年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r15.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r15.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r15_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r15_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	2r15_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	2r15_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/2r15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/2r15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDAK5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	121 4ei0-d 6jo7-d 1317 4s3o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myomesin-1

B: Myomesin-1

ヘテロ分子

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.504, 87.870, 203.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Myomesin-1 / 190 kDa titin-associated protein / 190 kDa connectin-associated protein 分子量: 23378.072 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAINS 12 AND 13, UNP RESIDUES 1225-1443 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYOM1 / プラスミド: PET22B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52179
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.16M CH3COONH4, 14% (W/V) PEG 20000, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X11	1	0.8126, 0.91837, 0.8126
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	BW7A	2	0.98214, 0.98264, 0.91837

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月14日

放射

モノクロメーター: GE SINGLE CRYSTAL CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8126	1
2	0.91837	1
3	0.98214	1
4	0.98264	1

反射

解像度: 2.24→20 Å / Num. obs: 25757 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度: 2.24→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.382 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.24→19.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 13.663 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE MAD DATA SET WAS USED ONLY UP TO INITIAL DENSITY MODIFICATION

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	683	2.7 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	-	25697	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3209	0	22	247	3478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.38	1.951	4480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.401	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.155	25.4	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.339	15	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.087	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.263	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.506	3	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.442	5	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.099	7	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.192	10	1170

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.32 Å / Total num. of bins used: 15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	81	-
R_work	0.363	2266	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.9635	-2.0485	0.0964	9.3604	1.1613	15.1981	-0.4478	0.8098	-1.3819	0.4437	-0.0408	0.3755	1.3379	-0.2348	0.4886	0.2899	-0.0696	0.0623	-0.1032	-0.0513	-0.053	9.98	6.3251	90.8505
2	5.9755	-4.0087	-0.7989	10.2276	0.9271	6.2625	0.1803	0.6242	0.0418	-0.0103	-0.4809	-0.0654	0.0988	-0.3366	0.3006	0.0007	-0.0122	0.0196	-0.1001	-0.0452	-0.2436	7.0087	16.2704	90.5485
3	6.1538	-5.112	1.1025	11.8025	-1.345	5.2896	0.2493	0.2428	-0.9496	0.5572	-0.3456	0.1041	1.5491	0.17	0.0963	0.5136	0.057	0.0728	-0.0736	0.0547	0.001	11.2182	3.5417	98.1488
4	0.0578	0.7435	-1.8582	9.6467	-24.1215	60.3176	0.2281	0.2922	0.3723	0.4928	-0.0214	0.2176	-0.3408	0.4795	-0.2067	0.0039	0.0864	0.0481	-0.0335	0.0495	-0.091	5.3467	28.4052	87.1571
5	6.9657	2.1815	-2.2217	2.7764	-2.196	4.0286	-0.0512	-0.223	0.0808	-0.0663	0.0379	-0.0395	0.1593	-0.0114	0.0133	-0.3028	0.0383	-0.0138	-0.2843	0.0009	-0.2413	16.4236	42.2109	55.0016
6	3.8688	4.8926	-3.4228	9.143	-5.5895	3.5662	0.1914	-0.6509	1.194	0.5483	0.474	0.4772	-0.7455	-0.5853	-0.6654	-0.0629	0.1206	0.0254	-0.0975	-0.0332	0.06	13.145	51.7934	61.1166
7	8.4497	2.5722	-4.0154	3.4298	-2.0799	3.6399	-0.0453	-0.0609	0.3416	0.1811	0.1417	-0.0733	-0.2495	-0.2834	-0.0963	-0.2781	0.0429	-0.0289	-0.3225	-0.0303	-0.1552	16.383	47.5072	57.275
8	12.7119	-1.3236	-2.0196	3.1295	1.7419	9.9029	-0.0541	-1.5536	1.7595	0.2729	0.1989	0.0623	-1.3796	0.9017	-0.1448	0.4449	-0.0493	-0.037	0.0455	-0.1051	0.1301	10.8012	83.1218	17.1042
9	1.6314	0.5849	2.3603	6.667	2.2422	8.6085	0.0107	-0.152	0.0817	0.14	0.2053	-0.3228	-0.1897	0.1908	-0.216	0.1243	-0.0361	-0.0256	-0.0453	-0.0014	-0.1146	7.3476	73.4086	15.0337
10	18.6503	15.5535	7.2143	21.5752	1.9635	11.3935	-0.4784	0.0426	2.0162	-0.4926	-0.0989	0.2813	-2.3811	1.3573	0.5773	0.5895	-0.2098	-0.0357	0.0741	0.0056	0.3292	11.456	87.7241	10.8252
11	8.1745	-12.201	13.9238	24.1312	-29.3601	36.1449	-0.1306	-0.5899	-0.166	-0.6679	0.1383	0.4883	0.3189	0.4762	-0.0077	0.1406	0.0137	-0.1465	-0.098	0.0344	-0.1222	5.8928	60.7911	14.3573
12	5.5815	-1.1858	0.9787	3.0344	-1.0109	3.0966	-0.2386	0.4472	0.3084	0.0762	-0.0272	-0.2483	-0.1972	-0.2235	0.2658	-0.3307	-0.0264	0.0107	-0.2409	0.0069	-0.2079	17.2041	42.0098	44.2954
13	2.2404	-2.3827	2.001	6.8824	-4.1326	8.1626	0.0492	0.8823	-0.8139	-0.5446	0.3339	0.0691	0.6562	-0.2899	-0.3831	-0.1497	-0.1018	-0.016	-0.0203	-0.0594	-0.0169	15.1631	32.4403	37.4675
14	8.7926	-1.8623	3.2189	3.0477	-0.896	2.5782	-0.0813	0.6037	-0.2746	-0.2114	0.1339	-0.1459	0.0469	-0.2696	-0.0526	-0.2924	-0.0471	0.0042	-0.1967	-0.0497	-0.1944	17.6286	36.9333	41.92

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1461 - 1466	6 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1479 - 1510	24 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	1467 - 1478	12 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	1511 - 1528	56 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	1529 - 1546	74 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	1547 - 1571	92 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	1572 - 1599	117 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	1600 - 1620	145 - 165
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	1621 - 1667	166 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	1461 - 1466	6 - 11
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	1479 - 1510	24 - 55
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	1467 - 1478	12 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	1511 - 1528	56 - 73
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	1529 - 1546	74 - 91
15	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	1547 - 1571	92 - 116
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	1572 - 1599	117 - 144
17	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	1600 - 1620	145 - 165
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	1621 - 1667	166 - 212

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)