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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r0v | ||||||
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タイトル | Structure of the Rsc4 tandem bromodomain acetylated at K25 | ||||||
要素 | Chromatin structure-remodeling complex protein RSC4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / bromodomain / chromatin / remodeler / RSC / histone / acetylation / Chromatin regulator / Nucleus / Phosphorylation / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RSC-type complex / nucleosome disassembly / transcription elongation by RNA polymerase II / lysine-acetylated histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | VanDemark, A.P. / Kasten, M.M. / Ferris, E. / Heroux, A. / Hill, C.P. / Cairns, B.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007 タイトル: Autoregulation of the rsc4 tandem bromodomain by gcn5 acetylation. 著者: VanDemark, A.P. / Kasten, M.M. / Ferris, E. / Heroux, A. / Hill, C.P. / Cairns, B.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2r0v.cif.gz | 194 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2r0v.ent.gz | 161.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2r0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/2r0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/2r0v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | There are 3 biological units in the asmmetric unit (chain A, chain B, and Chain C) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40114.727 Da / 分子数: 3 / 断片: Rsc4 TBD (1-340) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RSC4 / プラスミド: pET151-D/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon+ / 参照: UniProt: Q02206 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8 詳細: 0.1M Tris, 0.2M ammonium sulfate, 22% PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 50527 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / % possible all: 99.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 13.215 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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