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- PDB-2r09: Crystal Structure of Autoinhibited Form of Grp1 Arf GTPase Exchan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r09
タイトルCrystal Structure of Autoinhibited Form of Grp1 Arf GTPase Exchange Factor
要素Cytohesin-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / autoinhibition / Grp1 / PIP3 / Arf / 3-phosphoinositide / Pleckstrin Homology Domain / Guanine-nucleotide releasing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of cell adhesion / bicellular tight junction / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction ...Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of cell adhesion / bicellular tight junction / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 ...Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Cytohesin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者DiNitto, J.P. / Delprato, A. / Gabe Lee, M.T. / Cronin, T.C. / Huang, S. / Guilherme, A. / Czech, M.P. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Basis and Mechanism of Autoregulation in 3-Phosphoinositide-Dependent Grp1 Family Arf GTPase Exchange Factors.
著者: DiNitto, J.P. / Delprato, A. / Gabe Lee, M.T. / Cronin, T.C. / Huang, S. / Guilherme, A. / Czech, M.P. / Lambright, D.G.
履歴
登録2007年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytohesin-3
B: Cytohesin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,89713
ポリマ－81,6762
非ポリマー2,22111
水14,538807
1
A: Cytohesin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,46310
ポリマ－40,8381
非ポリマー1,6259
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Cytohesin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4343
ポリマ－40,8381
非ポリマー5962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.599, 94.611, 115.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytohesin-3 / PH / SEC7 and coiled-coil domain-containing protein 3 / CLM3 / SEC7 homolog C / mSec7-3 / ARF ...PH / SEC7 and coiled-coil domain-containing protein 3 / CLM3 / SEC7 homolog C / mSec7-3 / ARF nucleotide-binding site opener 3 / Protein ARNO3 / General receptor of phosphoinositides 1 / Grp1


分子量: 40838.016 Da / 分子数: 2 / 断片: Sec7 Domain 2 (residues 63-399) / 変異: K68A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pscd3, Grp1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O08967

-
非ポリマー , 5種, 818分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10-15% PEG 6000, 50 mM Tris, pH 8.0, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9791, 0.97872, 1.1627
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.978721
31.16271
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 73040 / Num. obs: 72844 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.055 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24106 3652 5 %RANDOM
Rwork0.20366 ---
obs0.20558 68704 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20 Å20 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5603 0 128 807 6538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0741.9737913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9955682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14123.75304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.414151022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2011548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.22719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8191.53526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.125512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63332630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4684.52401
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 267 -
Rwork0.22 4969 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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