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- PDB-2qzy: The structure of chicken mitochondrial PEPCK in complex with PEP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qzy
タイトルThe structure of chicken mitochondrial PEPCK in complex with PEP
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
キーワードLYASE / pepck / kinase / Decarboxylase / Gluconeogenesis / GTP-binding / Manganese / Mitochondrion / Nucleotide-binding / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of viral process / eggshell formation / egg-laying behavior / Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / embryonic organ morphogenesis / propionate catabolic process / vitellogenesis ...regulation of viral process / eggshell formation / egg-laying behavior / Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / embryonic organ morphogenesis / propionate catabolic process / vitellogenesis / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / embryo development ending in birth or egg hatching / pyruvate metabolic process / lactate metabolic process / glycerol catabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of gluconeogenesis / response to starvation / cellular response to ethanol / response to cAMP / cellular response to dexamethasone stimulus / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / cellular response to insulin stimulus / manganese ion binding / mitochondrial matrix / GTP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
octanoyl-sucrose, esterificated at glucose C6 / : / PHOSPHOENOLPYRUVATE / Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Holyoak, T. / Sullivan, S.M. / Nowak, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural Insights into the Mechanism of PEPCK Catalysis
著者: Holyoak, T. / Sullivan, S.M. / Nowak, T.
履歴
登録2007年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年9月4日ID: 2FAG
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE CHANGES IN THE PROTEIN SEQUENCE REPRESENT ERRORS IN THE ORIGINAL PUBLISHED SEQUENCE. ...SEQUENCE THE CHANGES IN THE PROTEIN SEQUENCE REPRESENT ERRORS IN THE ORIGINAL PUBLISHED SEQUENCE. THESE CHANGES WERE VERIFIED BY RESEQUENCING OF THE GENE AND MASS SPECTROMETRY ANALYSIS.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9378
ポリマ－134,7842
非ポリマー1,1536
水17,943996
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8534
ポリマ－67,3921
非ポリマー4613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0834
ポリマ－67,3921
非ポリマー6913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.349, 48.023, 126.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP] / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-M


分子量: 67391.883 Da / 分子数: 2 / 断片: mature mitochondrial protein, UNP residues 34-640 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mature mitochondrial protein / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
参照: UniProt: P21642, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose / octanoyl-sucrose / esterificated at glucose C6


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 468.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: octanoyl-sucrose, esterificated at glucose C6
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5_6*OCCCCCCCC/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1001分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 19% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.4, N-OCTANOYL SUCROSE, hanging drop vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 95642 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.089 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.974.50.59692460.914195.8
1.97-2.054.50.45192690.976196
2.05-2.144.50.35493941.047196.3
2.14-2.254.60.27893811.099196.8
2.25-2.394.70.23494751.092197.3
2.39-2.584.80.1995581.122198.6
2.58-2.845.10.14196911.13199.4
2.84-3.255.40.1197851.095199.9
3.25-4.095.40.07498161.158199.8
4.09-505.50.061100271.184199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FAF

2faf


解像度: 1.9→35.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.777 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 4789 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.163 95631 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9315 0 69 996 10380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.97113380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7851231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.75222.173451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.993151523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.65615108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.24732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.26635
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5161.56188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76829729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39934168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.214.53630
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 326 -
Rwork0.207 6330 -
all-6656 -
obs--93.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5477-0.51920.52921.8071-0.88840.84770.00730.01810.0121-0.06290.03490.0836-0.0493-0.0776-0.0422-0.08870.01170.0456-0.12150.0248-0.136-16.925-40.58474.184
21.002-0.05890.5270.36420.02723.0228-0.06290.06820.01160.0375-0.02350.0054-0.21410.03190.0865-0.06490.0080.0213-0.17980.0099-0.1228-6.459-44.72974.851
31.7223-0.4488-0.12673.86682.17392.52690.09240.098-0.0313-0.25690.062-0.3199-0.0621-0.1504-0.1544-0.0685-0.02140.0355-0.0842-0.0209-0.095-9.421-53.22648.515
42.61860.6851.08131.7463.91979.58240.0829-0.0175-0.18720.1522-0.01260.09990.20660.0171-0.0703-0.10870.02250.0506-0.14510.0286-0.1305-23.361-42.78575.9
51.9461-0.4204-0.07461.0764-0.10531.8503-0.0042-0.01010.01440.08170.0427-0.01010.0872-0.0056-0.0385-0.08220.00940.0085-0.2045-0.0066-0.1528-8.285-40.23677.651
61.9834-0.5262-0.35351.466-0.95463.45610.07510.1722-0.07150.05120.01570.0964-0.029-0.2037-0.0909-0.11530.0350.0155-0.1445-0.0166-0.1497-17.047-43.13471.71
72.22130.8536-1.15481.725-0.08732.5464-0.07310.0412-0.02220.02470.079-0.02410.007-0.0141-0.0058-0.1230.00570.0169-0.16540.0054-0.127-11.963-46.88367.575
818.9028-2.3603-5.914512.9368-7.71516.731-0.1658-0.44720.2177-0.023-0.54980.103-0.3060.22450.7156-0.1203-0.02450.0118-0.1599-0.0064-0.1572-1.242-39.88355.573
95.6488-0.10181.321.40780.5891.9724-0.11820.02170.053-0.04110.0462-0.0816-0.01180.03190.072-0.1185-0.02110.0459-0.1516-0.0007-0.15438.163-42.38759.682
103.8696-0.6230.14741.02850.18522.39950.0350.07460.1817-0.031-0.06140.0505-0.1777-0.37330.0264-0.07140.00990.0254-0.0952-0.0073-0.0994-0.546-37.22562.044
114.4661.7493-8.33332.5298-3.834122.9096-0.0088-0.0280.00120.0325-0.0837-0.1637-0.0431-0.17210.0925-0.1314-0.00570.0049-0.16670.0063-0.12964.366-39.17869.945
122.24220.7553-0.62371.6685-0.2571.3263-0.07230.10770.0779-0.00760.08910.09250.001-0.0039-0.0168-0.05510.01730.0063-0.18180.022-0.1261-4.778-49.48483.491
132.05991.0079-0.65122.1575-1.18942.1468-0.0360.09530.03820.00110.10450.03530.05490.0655-0.0684-0.090.03490.0087-0.1685-0.0148-0.13553.016-47.0777.403
141.2067-0.6161-0.19471.08780.79011.28170.04890.01290.0112-0.1418-0.036-0.1717-0.1205-0.002-0.013-0.10890.00160.0488-0.1560.0402-0.1111.96-45.1753.252
155.2604-3.0738-3.01335.33074.17075.11050.1229-0.0922-0.025-0.064-0.27930.0543-0.1496-0.34840.1564-0.10660.00480.0089-0.121-0.0072-0.1618-1.664-47.60358.491
165.9150.6418-1.15510.84370.76632.4103-0.0207-0.3142-0.2153-0.0713-0.14820.03730.0198-0.07050.1689-0.08440.0130.0185-0.13730.0146-0.1309-0.963-48.52853.207
172.7580.24540.7476.5937-0.98243.1948-0.05690.01740.0093-0.44830.10820.10990.0760.0069-0.0513-0.11680.02680.0423-0.14270.0268-0.080416.515-53.12755.085
183.3780.3068-0.833.4571.11133.631-0.21050.7482-0.068-0.9478-0.24680.1471-0.114-0.61720.45730.15620.01340.01010.1166-0.0589-0.015512.965-56.00339.922
196.0373-0.48973.31481.17110.33223.2634-0.104-0.0188-0.0102-0.0264-0.0643-0.07350.1860.05550.1683-0.028-0.01930.075-0.14040.0345-0.026310.861-63.94348.386
202.9582-0.8748-0.67832.3147-0.40371.6559-0.0180.1149-0.0454-0.0507-0.0663-0.06850.0009-0.06390.0843-0.0734-0.03340.038-0.1429-0.0064-0.12472.768-56.02246.11
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315.8195-0.3442.70441.1386-0.69266.0125-0.05940.67750.1024-0.01820.10880.00820.0435-0.0658-0.0494-0.04730.03230.0247-0.03250.0536-0.109627.967-60.98710.601
321.67390.7634-0.82952.0978-1.97553.5758-0.06870.007-0.0314-0.08680.23710.12710.2594-0.3011-0.16840.0180.02110.0119-0.04420.0595-0.102627.188-63.6127.489
334.89510.48271.29714.6312-2.65275.1950.26450.1351-0.4632-0.4410.22190.47750.7036-0.3894-0.48640.0527-0.0342-0.0693-0.01080.0191-0.021931.08-57.942-6.503
341.3829-0.77970.26843.0775-1.48093.6750.0416-0.09370.0687-0.21410.08070.0733-0.1023-0.0025-0.1223-0.0443-0.00220.0314-0.06060.0017-0.098233.992-52.2610.892
351.66610.95970.54264.571.57382.82310.17240.08460.10860.2756-0.0693-0.05210.15270.0665-0.1031-0.0788-0.01540.033-0.05590.0868-0.108732.454-57.30826.684
365.252-0.43631.32273.54120.04125.59110.0554-0.1426-0.13940.1957-0.1185-0.13070.0569-0.02170.0631-0.0621-0.01220.0596-0.11850.0199-0.102223.834-55.55733.159
371.89250.3476-0.65280.9461-0.38073.58660.06640.0667-0.05720.0291-0.06450.0282-0.112-0.1047-0.0019-0.05130.01770.05-0.07520.0425-0.091922.477-54.33519.55
382.4901-0.8357-0.54152.7784-0.22272.5146-0.05150.0735-0.06650.10850.03010.24690.1064-0.04190.0214-0.0458-0.02150.0194-0.09630.0442-0.079429.446-57.07232.222
391.7425-0.3139-0.45191.31981.66044.48190.1008-0.46390.26560.38380.2708-0.20470.24250.5899-0.37160.0980.02580.02450.0798-0.02960.006725.589-44.87948.081
4018.0888-2.2509-8.125513.7216-5.71347.0141-0.45341.5789-1.3049-1.15470.00170.24190.666-0.57540.45170.0516-0.02480.08060.0023-0.09020.033518.26-47.75334.715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA34 - 801 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2AA81 - 11748 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3AA118 - 14085 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4AA141 - 157108 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5AA158 - 196125 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6AA197 - 232164 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7AA233 - 270200 - 237
8X-RAY DIFFRACTION8AA271 - 276238 - 243
9X-RAY DIFFRACTION9AA277 - 308244 - 275
10X-RAY DIFFRACTION10AA309 - 334276 - 301
11X-RAY DIFFRACTION11AA335 - 351302 - 318
12X-RAY DIFFRACTION12AA352 - 388319 - 355
13X-RAY DIFFRACTION13AA389 - 443356 - 410
14X-RAY DIFFRACTION14AA444 - 473411 - 440
15X-RAY DIFFRACTION15AA474 - 505441 - 472
16X-RAY DIFFRACTION16AA506 - 528473 - 495
17X-RAY DIFFRACTION17AA529 - 563496 - 530
18X-RAY DIFFRACTION18AA564 - 594531 - 561
19X-RAY DIFFRACTION19AA595 - 613562 - 580
20X-RAY DIFFRACTION20AA614 - 641581 - 608
21X-RAY DIFFRACTION21BB34 - 611 - 28
22X-RAY DIFFRACTION22BB62 - 8329 - 50
23X-RAY DIFFRACTION23BB84 - 10851 - 75
24X-RAY DIFFRACTION24BB109 - 14776 - 114
25X-RAY DIFFRACTION25BB148 - 199115 - 166
26X-RAY DIFFRACTION26BB200 - 223167 - 190
27X-RAY DIFFRACTION27BB224 - 250191 - 217
28X-RAY DIFFRACTION28BB251 - 281218 - 248
29X-RAY DIFFRACTION29BB282 - 306249 - 273
30X-RAY DIFFRACTION30BB307 - 319274 - 286
31X-RAY DIFFRACTION31BB320 - 339287 - 306
32X-RAY DIFFRACTION32BB340 - 371307 - 338
33X-RAY DIFFRACTION33BB372 - 418339 - 385
34X-RAY DIFFRACTION34BB419 - 443386 - 410
35X-RAY DIFFRACTION35BB444 - 463411 - 430
36X-RAY DIFFRACTION36BB464 - 495431 - 462
37X-RAY DIFFRACTION37BB496 - 529463 - 496
38X-RAY DIFFRACTION38BB530 - 601497 - 568
39X-RAY DIFFRACTION39BB602 - 636569 - 603
40X-RAY DIFFRACTION40BB637 - 641604 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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