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- PDB-2qzv: Draft Crystal Structure of the Vault Shell at 9 Angstroms Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qzv
タイトルDraft Crystal Structure of the Vault Shell at 9 Angstroms Resolution
要素Major vault protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / NANOCAPSULE / BARREL SELF-ASSEMBLED FROM 96 STAVES / MAJOR VAULT PROTEIN / Cytoplasm / Ribonucleoprotein / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding ...protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain ...Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain / Shoulder domain / Major Vault Protein repeat domain / Major Vault Protein Repeat domain / Major Vault Protein repeat domain / MVP (vault) repeat profile. / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major vault protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 9 Å
データ登録者Anderson, D.H. / Kickhoefer, V.A. / Sievers, S.A. / Rome, L.H. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2007
タイトル: Draft crystal structure of the vault shell at 9-A resolution.
著者: Anderson, D.H. / Kickhoefer, V.A. / Sievers, S.A. / Rome, L.H. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Cryoelectron Microscopy Imaging of Recombinant and Tissue Derived Vaults: Localization of the Mvp N Termini and Vparp
著者: Mikyas, Y. / Makabi, M. / Raval-Fernandes, S. / Harrington, L. / Kickhoefer, V.A. / Rome, L.H. / Stewart, P.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of a two-repeat fragment of major vault protein
著者: Kozlov, G. / Vavelyuk, O. / Minailiuc, O. / Banville, D. / Gehring, K. / Ekiel, I.
履歴
登録2007年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE COMPLETE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS "MATEEAIIRIPPYHY ...SEQUENCE THE COMPLETE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS "MATEEAIIRIPPYHY IHVLDQNSNVSRVEVGPKTYIRQDNERVLFAPVRMVTVPPRHYCIVANPVSRDTQSS VLFDITGQVRLRHADQEIRLAQDPFPLYPGEVLEKDITPLQVVLPNTALHLKALLDF EDKNGDKVMAGDEWLFEGPGTYIPQKEVEVVEIIQATVIKQNQALRLRARKECFDRE GKGRVTGEEWLVRSVGAYLPAVFEEVLDLVDAVILTEKTALHLRALQNFRDLRGVLH RTGEEWLVTVQDTEAHVPDVYEEVLGVVPITTLGPRHYCVILDPMGPDGKNQLGQKR VVKGEKSFFLQPGERLERGIQDVYVLSEQQGLLLKALQPLEEGESEEKVSHQAGDCW LIRGPLEYVPSAKVEVVEERQAIPLDQNEGIYVQDVKTGKVRAVIGSTYMLTQDEVL WEKELPSGVEELLNLGHDPLADRGQKGTAKPLQPSAPRNKTRVVSYRVPHNAAVQVY DYRAKRARVVFGPELVTLDPEEQFTVLSLSAGRPKRPHARRALCLLLGPDFFTDVIT IETADHARLQLQLAYNWHFELKNRNDPAEAAKLFSVPDFVGDACKAIASRVRGAVAS VTFDDFHKNSARIIRMAVFGFEMSEDTGPDGTLLPKARDQAVFPQNGLVVSSVDVQS VEPVDQRTRDALQRSVQLAIEITTNSQEAAAKHEAQRLEQEARGRLERQKILDQSEA EKARKELLELEAMSMAVESTGNAKAEAESRAEAARIEGEGSVLQAKLKAQALAIETE AELERVKKVREMELIYARAQLELEVSKAQQLANVEAKKFKEMTEALGPGTIRDLAVA GPEMQVKLLQSLGLKSTLITDGSSPINLFSTAFGLLGLGSDGQPPAQK". AT THE N-TERMINUS, AN INSERT MAGCGCPCGCGA IS ALSO PRESENT. IN THIS ENTRY, MODEL RESIDUES OF THE INSERT ARE NUMBERED 3T THROUGH 12T. THE AMINOACID SEQUENCE DATABASE REFERENCE OF THE PROTEIN IS UNP Q62667.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major vault protein
B: Major vault protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,8632
ポリマ－193,8632
非ポリマー00
水00
1
A: Major vault protein
B: Major vault protein
x 48


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,305,41096
ポリマ－9,305,41096
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation47
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Major vault protein
B: Major vault protein
x 24


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.65 MDa, 48 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,652,70548
ポリマ－4,652,70548
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation23
単位格子
Length a, b, c (Å)631.449, 464.724, 584.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D24 (2回x24回 2面回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.96783712, 0.25145542, -0.00784046), (-0.25145542, 0.96592583, -0.0612982), (-0.00784046, 0.0612982, 0.9980887)
3generate(0.87354034, 0.48577457, -0.03082753), (-0.48577457, 0.8660254, -0.11841902), (-0.03082753, 0.11841902, 0.99248506)
4generate(0.72353582, 0.68698899, -0.06739467), (-0.68698899, 0.70710678, -0.16746979), (-0.06739467, 0.16746978, 0.98357096)
5generate(0.52804613, 0.84138624, -0.1150499), (-0.84138624, 0.5, -0.20510776), (-0.1150499, 0.20510776, 0.97195387)
6generate(0.30039356, 0.93844441, -0.17054559), (-0.93844442, 0.25881905, -0.22876798), (-0.17054559, 0.22876798, 0.95842549)
7generate(0.05609226, 0.97154914, -0.2300998), (-0.97154915, -0.23683804), (-0.2300998, 0.23683804, 0.94390774)
8generate(-0.18820904, 0.93844441, -0.28965401), (-0.93844442, -0.25881904, -0.22876798), (-0.28965401, 0.22876798, 0.92939)
9generate(-0.41586161, 0.84138624, -0.3451497), (-0.84138624, -0.5, -0.20510776), (-0.3451497, 0.20510776, 0.91586161)
10generate(-0.61135131, 0.68698899, -0.39280493), (-0.68698899, -0.70710678, -0.16746978), (-0.39280492, 0.16746978, 0.90424453)
11generate(-0.76135583, 0.48577457, -0.42937207), (-0.48577458, -0.8660254, -0.11841902), (-0.42937207, 0.11841902, 0.89533042)
12generate(-0.85565261, 0.25145542, -0.45235913), (-0.25145542, -0.96592583, -0.06129819), (-0.45235913, 0.0612982, 0.88972678)
13generate(-0.88781548, -0.46019959), (-1), (-0.46019959, 0.88781548)
14generate(-0.85565261, -0.25145542, -0.45235913), (0.25145542, -0.96592583, 0.0612982), (-0.45235913, -0.0612982, 0.88972678)
15generate(-0.76135582, -0.48577457, -0.42937207), (0.48577457, -0.8660254, 0.11841903), (-0.42937207, -0.11841902, 0.89533042)
16generate(-0.61135131, -0.68698899, -0.39280492), (0.68698899, -0.70710678, 0.16746979), (-0.39280492, -0.16746978, 0.90424453)
17generate(-0.41586161, -0.84138624, -0.34514969), (0.84138624, -0.5, 0.20510777), (-0.34514969, -0.20510776, 0.91586161)
18generate(-0.18820904, -0.93844441, -0.289654), (0.93844441, -0.25881905, 0.22876799), (-0.28965401, -0.22876798, 0.92939)
19generate(0.05609226, -0.97154914, -0.23009979), (0.97154915, 0.23683805), (-0.2300998, -0.23683804, 0.94390774)
20generate(0.30039356, -0.93844441, -0.17054559), (0.93844441, 0.25881904, 0.22876798), (-0.17054559, -0.22876798, 0.95842549)
21generate(0.52804613, -0.84138624, -0.1150499), (0.84138624, 0.5, 0.20510776), (-0.1150499, -0.20510776, 0.97195387)
22generate(0.72353582, -0.68698899, -0.06739467), (0.68698899, 0.70710678, 0.16746979), (-0.06739467, -0.16746978, 0.98357096)
23generate(0.87354034, -0.48577457, -0.03082753), (0.48577457, 0.8660254, 0.11841902), (-0.03082753, -0.11841902, 0.99248506)
24generate(0.96783712, -0.25145542, -0.00784046), (0.25145542, 0.96592583, 0.0612982), (-0.00784046, -0.0612982, 0.9980887)
詳細THIS ENTRY CONTAINS TWO PROTEIN CHAINS, A AND B. CHAIN B RESIDUES 3T-715 WERE ROTATED USING TRANSFORM (ROTATION MATRIX AND TRANSLATION VECTOR): 0.991923 -0.126823 -0.00196588 0.126823 0.991445 0.0308693 -0.00196588 -0.0308693 0.999521 0 0 0 TO GENERATE CHAIN A, AND THEN BOTH CHAINS WERE ASSEMBLED BY EDITING THE NON-EQUIVALENT RESIDUES 716-779 ONTO THE ENDS OF CHAINS A AND B RESIDUES 3T-715. THE COMPLETE BIOLOGICAL UNIT (96-MER) CAN BE GENERATED FROM THIS DIMER OF CHAINS A AND B USING 24-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY MATRICES INCLUDED IN MTRIX RECORDS (MATRICES 1-24) AND 2-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY (-1,0,0 0,1,0 0,0,-1) AROUND Y-AXIS. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE

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要素

#1: タンパク質 Major vault protein / MVP


分子量: 96931.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mvp / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q62667

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.5% PEG 8000, 3% GLYCEROL, 0.05M NA MOPS, 0.04M MGCL2, 0.2% N-OCTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE, INITIALLY SATURATED WITH CYCLOHEXANE, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, PH 6.80

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.08 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月16日 / 詳細: MIRRORS FOCUSED AT 700 MM
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 9→200 Å / Num. obs: 101681 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.223 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 9→9.5 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 13869 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
直接法位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: CRYO EM DENSITY

解像度: 9→200 Å / σ(F): 0
詳細: THIS IS A SEMI-REFINED MODEL OF MAJOR VAULT PROTEIN. MANUAL MOLECULAR REPLACEMENT WAS DONE WITH CRYO-EM PHASING MODEL. PHASES WERE REFINED BY DENSITY MODIFICATION USING DM. RESIDUES 113-276 ...詳細: THIS IS A SEMI-REFINED MODEL OF MAJOR VAULT PROTEIN. MANUAL MOLECULAR REPLACEMENT WAS DONE WITH CRYO-EM PHASING MODEL. PHASES WERE REFINED BY DENSITY MODIFICATION USING DM. RESIDUES 113-276 WERE ADAPTED FROM PDB ENTRY 1Y7X. RESIDUES 641-779 WERE INITIALLY BUILT BY FITTING POLY-ALA TO DENSITY. THE REMAINDER OF THE MODEL RESULTED FROM FOLD PREDICTIONS. THE DOMAIN MODELS WERE MANUALLY ADJUSTED. THE ASSEMBLED MODEL WAS ENERGY-MINIMIZED WITH CNS. THE MODEL WAS NOT REFINED WITH A GRADIENT-BASED RECIPROCAL-SPACE REFINEMENT PROGRAM.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.615 --
obs-101681 98 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 9→200 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7404 0 0 0 7404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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