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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qze | ||||||
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タイトル | Monoclinic Mimivirus Capping Enzyme Triphosphatase. | ||||||
![]() | Probable mRNA-capping enzyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / VIRAL PROTEIN / Mimivirus / capping / tunnel / triphosphatase / monoclinic / mRNA capping / mRNA processing / Multifunctional enzyme / Nucleotidyltransferase / S-adenosyl-L-methionine / Transferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / GTP binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benarroch, D. / Smith, P. / Shuman, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of a trifunctional mimivirus mRNA capping enzyme and crystal structure of the RNA triphosphatase domain. 著者: Benarroch, D. / Smith, P. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27647.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20-30% PEG 4000, 100mM Na Citrate, 200mM Na Acetate, pH 5.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月7日 / 詳細: Si(111) channel-cut crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.601 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 11266 / Num. obs: 10635 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.43 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 646 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 84.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2QY2 解像度: 2.9→46.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 9449185.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.0354 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 10
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