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万見
- PDB-2qwy: SAM-II riboswitch bound to S-adenosylmethionine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qwy
タイトルSAM-II riboswitch bound to S-adenosylmethionine
要素SAM-II riboswitch
キーワードRNA / mRNA / riboswitch / SAM / S-adenosylmethionine / AdoMet / RNA-ligand complex / double helix / pseudoknot / base triple
機能・相同性: / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gilbert, S.D. / Rambo, R.P. / Van Tyne, D. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the SAM-II riboswitch bound to S-adenosylmethionine.
著者: Gilbert, S.D. / Rambo, R.P. / Van Tyne, D. / Batey, R.T.
履歴
登録2007年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-II riboswitch
B: SAM-II riboswitch
C: SAM-II riboswitch
A: PHOSPHATE ION
B: PHOSPHATE ION
C: PHOSPHATE ION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,51815
ポリマ－50,4633
非ポリマー2,05512
水2,774154
1
A: SAM-II riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5676
ポリマ－16,8211
非ポリマー7465
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SAM-II riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4094
ポリマ－16,8211
非ポリマー5883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SAM-II riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5425
ポリマ－16,8211
非ポリマー7214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.258, 48.095, 109.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The deposited coordinates contain all information corresponding to one biologically relevant unit repeated three times according to the number of RNA-ligand complexes observed in the asymmetric unit.

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要素

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RNA鎖 , 1種, 3分子 ABC

#1: RNA鎖 SAM-II riboswitch


分子量: 16821.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence was engineered based on the SAM-II riboswitch found upstream of the metX gene derived from a Sargasso Sea environmental sequence (Env12).

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非ポリマー , 5種, 166分子 ABC

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細EACH RNA MONOMER CONTAINS A 5'-DIPHOSPHATE AND A 2',3'-CYCLIC PHOSPHATE. THESE RESIDUES HAVE BEEN ...EACH RNA MONOMER CONTAINS A 5'-DIPHOSPHATE AND A 2',3'-CYCLIC PHOSPHATE. THESE RESIDUES HAVE BEEN SEPARATED INTO STANDARD MONOPHOSPHATE NECLEOTIDE AND INDIVIDUAL PHOSPHATE DURING ENTRY PROCESSING AT THE PROTEIN DATA BANK, AND THE LINK RECORDS HAVE BEEN BUILT TO INDICATE THE CONNECTIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 640 mM Ammonium Acetate, 10% PEG 1000, 10 mM Barium Chloride, 50 mM Sodium Cacodylate, 8 mM Cobalt Hexaammine Chloride. Micro-seeded., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2Ammonium Acetate11
3PEG 100011
4Barium Chloride11
5Cobalt Hexaammine Chloride11
6Sodium Cacodylate12
7Ammonium Acetate12
8PEG 100012
9Barium Chloride12
10Cobalt Hexaammine Chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器日付: 2007年4月10日
放射モノクロメーター: Nickel Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 27442 / Num. obs: 26866 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 129.5 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 4033 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1022121.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1924 7.2 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 26866 97.9 %-
all-26866 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 9.21319 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-34.88 Å20 Å223.73 Å2
2---5.03 Å20 Å2
3----29.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3354 105 154 3613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 324 7.4 %
Rwork0.407 4033 -
obs--94.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep_revise4.paramdna-rna_rep_revise4.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5sam7.paramsam7.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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