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万見
- PDB-2qu8: Crystal structure of putative nucleolar GTP-binding protein 1 PFF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qu8
タイトルCrystal structure of putative nucleolar GTP-binding protein 1 PFF0625w from Plasmodium falciparum
要素Putative nucleolar GTP-binding protein 1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / GTPase / malaria / plasmodium falciparum / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Ravichandran, M. / Shapiro, M. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Ravichandran, M. / Shapiro, M. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Hui, R. / Qiu, W. / Sukumar, D. / Hassanali, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative nucleolar GTP-binding protein 1 PFF0625w from Plasmodium falciparum.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Ravichandran, M. / Shapiro, M. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Hui, R. ...著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Ravichandran, M. / Shapiro, M. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Hui, R. / Qiu, W. / Sukumar, D. / Hassanali, A.
履歴
登録2007年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative nucleolar GTP-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9642
ポリマ－25,5211
非ポリマー4431
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.377, 77.162, 40.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 25521.195 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 166-370 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFF0625w / プラスミド: p15-TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q6LFE0
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
ID
1
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.528% PEG 2000 MME, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 1 mM GDP, 2 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.228% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na Cacodylate pH 5.2, 1 mM GDP, 2 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97937
回転陽極RIGAKU FR-E+ DW21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年6月10日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2007年5月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
21.54181
Reflection冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 7.4 / 数: 86347 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.26 / D res high: 2 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 12457 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.314099.510.0492.2386.4
3.424.3110010.0642.0736.9
2.993.4210010.0771.3017.1
2.712.9910010.1081.1227.2
2.522.7110010.1361.0257.2
2.372.5210010.1690.957.2
2.252.3710010.2230.9327.2
2.152.2510010.2741.0597.1
2.072.1510010.3450.8526.9
22.0799.310.4010.9826.2
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. all: 12175 / Num. obs: 12175 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.041 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique all: 1181 / Rsym value: 0.301 / Χ2: 0.816 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→32.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.668 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 580 4.8 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.225 12151 --
obs0.225 12139 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.034 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→32.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 28 72 1612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9922112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.645190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18926.40664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96815290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.388153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21083
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5781.5994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02521564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1223637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8034.5548
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.065 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 43 -
Rwork0.273 818 -
all-861 -
obs-614 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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