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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qtx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an Hfq-like protein from Methanococcus jannaschii | ||||||
![]() | Uncharacterized protein MJ1435 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Hfq / Sm / RNA-binding protein / sRNA / translational regulation | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nielsen, J.S. / Boggild, A. / Andersen, C.B.F. / Nielsen, G. / Boysen, A. / Brodersen, D.E. / Valentin-Hansen, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An Hfq-like protein in archaea: Crystal structure and functional characterization of the Sm protein from Methanococcus jannaschii. 著者: Nielsen, J.S. / Boggild, A. / Andersen, C.B. / Nielsen, G. / Boysen, A. / Brodersen, D.E. / Valentin-Hansen, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 287 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 235 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 504.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 508.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1u1sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homohexamer. The asu contains two hexamers. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8309.771 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pTYP11 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Tris, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月17日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: FIXED EXIT SI 111 MONCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9993 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 17 / 数: 96326 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.5 / D res high: 2.5 Å / D res low: 250 Å / Num. obs: 28424 / % possible obs: 92.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.5→250 Å / Num. obs: 28424 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 48.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 57.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR |
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Phasing dm | FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.62 / 反射: 28398 / Reflection acentric: 27025 / Reflection centric: 1373 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1U1S 解像度: 2.5→38.5 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 30.003 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 54
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