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- PDB-2qtx: Crystal structure of an Hfq-like protein from Methanococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qtx
タイトルCrystal structure of an Hfq-like protein from Methanococcus jannaschii
要素Uncharacterized protein MJ1435
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Hfq / Sm / RNA-binding protein / sRNA / translational regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein MJ1435
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nielsen, J.S. / Boggild, A. / Andersen, C.B.F. / Nielsen, G. / Boysen, A. / Brodersen, D.E. / Valentin-Hansen, P.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2007
タイトル: An Hfq-like protein in archaea: Crystal structure and functional characterization of the Sm protein from Methanococcus jannaschii.
著者: Nielsen, J.S. / Boggild, A. / Andersen, C.B. / Nielsen, G. / Boysen, A. / Brodersen, D.E. / Valentin-Hansen, P.
履歴
登録2007年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ1435
B: Uncharacterized protein MJ1435
C: Uncharacterized protein MJ1435
D: Uncharacterized protein MJ1435
E: Uncharacterized protein MJ1435
F: Uncharacterized protein MJ1435
G: Uncharacterized protein MJ1435
H: Uncharacterized protein MJ1435
I: Uncharacterized protein MJ1435
J: Uncharacterized protein MJ1435
K: Uncharacterized protein MJ1435
L: Uncharacterized protein MJ1435


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,71712
ポリマ－99,71712
非ポリマー00
水2,342130
1
A: Uncharacterized protein MJ1435
B: Uncharacterized protein MJ1435
C: Uncharacterized protein MJ1435
D: Uncharacterized protein MJ1435
E: Uncharacterized protein MJ1435
F: Uncharacterized protein MJ1435


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8596
ポリマ－49,8596
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
手法PISA
2
G: Uncharacterized protein MJ1435
H: Uncharacterized protein MJ1435
I: Uncharacterized protein MJ1435
J: Uncharacterized protein MJ1435
K: Uncharacterized protein MJ1435
L: Uncharacterized protein MJ1435


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8596
ポリマ－49,8596
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.866, 67.110, 119.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a homohexamer. The asu contains two hexamers.

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ1435


分子量: 8309.771 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pTYP11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 derivative (delta-hfq) / 参照: UniProt: Q58830
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Tris, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9993
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月17日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: FIXED EXIT SI 111 MONCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9993 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 17 / 数: 96326 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.5 / D res high: 2.5 Å / D res low: 250 Å / Num. obs: 28424 / % possible obs: 92.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.3925099.110.0291.7573.6
4.275.3999.910.0321.7233.8
3.734.2710010.0421.6883.8
3.393.7399.310.0581.5433.6
3.153.3976.510.0791.4242.2
2.963.1510.1251.339
2.822.9610.1661.349
2.692.8210.1851.196
2.592.6910.2381.188
2.52.5910.2091.152
反射解像度: 2.5→250 Å / Num. obs: 28424 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 48.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 57.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.5 Å
Translation2.5 Å38.5 Å
Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.62 / 反射: 28398 / Reflection acentric: 27025 / Reflection centric: 1373
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.2-38.5040.860.870.813641166198
4.5-7.20.840.850.741103796314
3.6-4.50.840.850.7151674867300
3.1-3.60.750.750.651844934250
2.7-3.10.460.460.3688458537308
2.5-2.70.210.210.08372837253

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.11位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U1S

1u1s


解像度: 2.5→38.5 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1422 5.01 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all-28393 --
obs-28393 92.2 %-
溶媒の処理Bsol: 30.003 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.309 Å20 Å2-6.041 Å2
2---6.476 Å20 Å2
3----3.833 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5615 0 0 130 5745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 70 -
Rwork0.227 256 -
obs--0.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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