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- PDB-2qsw: Crystal structure of C-terminal domain of ABC transporter / ATP-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qsw
タイトルCrystal structure of C-terminal domain of ABC transporter / ATP-binding protein from Enterococcus faecalis
要素Methionine import ATP-binding protein metN 2
キーワードHYDROLASE / ABC transporter / ATP-binding protein / structural genomics / APC87322.1 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Amino-acid transport / Membrane / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type methionine transporter / ABC-type D-methionine transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NIL domain / NIL domain / Methionine import ATP-binding protein metN family profile. / NIL / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / : / ACT domain / ACT-like domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...NIL domain / NIL domain / Methionine import ATP-binding protein metN family profile. / NIL / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / : / ACT domain / ACT-like domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Alpha-Beta Plaits / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine import ATP-binding protein MetN 2
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of C-terminal domain of ABC transporter / ATP-binding protein from Enterococcus faecalis.
著者: Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine import ATP-binding protein metN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5705
ポリマ－11,2821
非ポリマー2884
水1,838102
1
A: Methionine import ATP-binding protein metN 2
ヘテロ分子

A: Methionine import ATP-binding protein metN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,14010
ポリマ－22,5632
非ポリマー5778
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_755-x+2,y,-z1
Buried area2530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.896, 38.896, 111.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-57-

HOH

21A-80-

HOH

31A-91-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Methionine import ATP-binding protein metN 2


分子量: 11281.647 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain: Residues 249-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: metN2, EF_2498 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q831K6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.01 M Zinc sulfate, 0.1 M MES buffer pH 6.9, 25% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月30日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→26.8 Å / Num. all: 14492 / Num. obs: 14492 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 45.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 879 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→26.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.643 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1842 728 5 %RANDOM
Rwork0.1471 ---
all0.149 13709 --
obs0.149 13709 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.295 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数712 0 9 102 823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.9821144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.47131412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6665117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.78626.73946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21515169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.781154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1950.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1470.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2620.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3120.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0870.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7431.5599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5841.5200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1072812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.183364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5974.5317
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.98131579
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.3923106
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.74531370
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 52 -
Rwork0.176 931 -
obs-983 94.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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