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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qsd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a protein Il1583 from Idiomarina loihiensis | ||||||
要素 | Uncharacterized conserved protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein il1583 fold / protein il1583 domain / Domain of unknown function DUF1543 / Domain of Unknown Function (DUF1543) / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / 3-Layer(bba) Sandwich / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Idiomarina loihiensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Romero, R. / Rutter, M. / Koss, J. / Mckenzie, C. / Gheyi, T. / Bain, K. / Wasserman, S.R. ...Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Romero, R. / Rutter, M. / Koss, J. / Mckenzie, C. / Gheyi, T. / Bain, K. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a Protein Il1583 from Idiomarina loihiensis. 著者: Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Romero, R. / Rutter, M. / Koss, J. / Mckenzie, C. / Gheyi, T. / Bain, K. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qsd.cif.gz | 246.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qsd.ent.gz | 206.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qsd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qsd_validation.pdf.gz | 499.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qsd_full_validation.pdf.gz | 509.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qsd_validation.xml.gz | 42.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qsd_validation.cif.gz | 59.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASP / End label comp-ID: HOH / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 5 - 200 / Label seq-ID: 7
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詳細 | homodimer, ASU contains 8 monomers assembled as 4 dimers, AB,ED,CG,FH |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21358.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Idiomarina loihiensis (バクテリア) 株: L2-TR, DSM 15497 / 遺伝子: IL1583 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5QU98 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 10% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9796 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 142014 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 70.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.794 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: The Bijvoet differences were used for phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.717 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1142 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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