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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qsb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a protein from uncharacterized family UPF0147 from Thermoplasma acidophilum | ||||||
![]() | UPF0147 protein Ta0600 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / four-helix bundle / Thermoplasma acidophilum / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterised protein family UPF0147 / Uncharacterised protein family (UPF0147) / Ta0600-like / Ta0600-like superfamily / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / UPF0147 protein Ta0600![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a protein from uncharacterized family UPF0147 from Thermoplasma acidophilum. 著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10163.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Thermoplasma acidophilum / 株: DSM 1728, IFO 15155, JCM 9062, AMRC-C165 / 遺伝子: CAC11739, Ta0600 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Tri-HCl pH 7.0, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 23474 / Num. obs: 23474 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 3.714 / Net I/σ(I): 9.4 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.35 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1515 / Χ2: 0.908 / % possible all: 97.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.3 Å / D res low: 43.81 Å / FOM : 0.602 / FOM acentric: 0.608 / FOM centric: 0.398 / 反射: 21124 / Reflection acentric: 20467 / Reflection centric: 657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 43.81 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 23416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.124 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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