PDB-2qsb: Crystal structure of a protein from uncharacterized family UPF014...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qsb

タイトル

Crystal structure of a protein from uncharacterized family UPF0147 from Thermoplasma acidophilum

要素

UPF0147 protein Ta0600

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / four-helix bundle / Thermoplasma acidophilum / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0147 / Uncharacterised protein family (UPF0147) / Ta0600-like / Ta0600-like superfamily / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / UPF0147 protein Ta0600

機能・相同性情報

生物種

Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of a protein from uncharacterized family UPF0147 from Thermoplasma acidophilum.
著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年12月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qsb.cif.gz	61.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qsb.ent.gz	44.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xn4-d 6np7-2 1pnj-d 3dj3-4 2mmx-d 2mkw-d 2ki2-d 6dyx-d 2khp-d 2npb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86530.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0147 protein Ta0600

ヘテロ分子

10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.584, 50.584, 59.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	UPF0147 protein Ta0600 分子量: 10163.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性) 生物種: Thermoplasma acidophilum / 株: DSM 1728, IFO 15155, JCM 9062, AMRC-C165 / 遺伝子: CAC11739, Ta0600 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HKJ8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Tri-HCl pH 7.0, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931, 0.97949

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97931	1
2	0.97949	1

反射

解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 23474 / Num. obs: 23474 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 11.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 3.714 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度: 1.25→1.35 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1515 / Χ²: 0.908 / % possible all: 97.3

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.3 Å / D res low: 43.81 Å / FOM : 0.602 / FOM acentric: 0.608 / FOM centric: 0.398 / 反射: 21124 / Reflection acentric: 20467 / Reflection centric: 657

Phasing MAD set

最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 43.81 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.6	1	0.3	0.2	0	0	20467	657
2	0.75	0.7	2.9	4.8	1.28	0.94	20367	627

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	8.61-43.81	1.65	1	1.1	0.4	0	0	50	8
1	4.77-8.61	1.86	1	0.9	0.4	0	0	335	36
1	3.3-4.77	1.1	1	0.7	0.5	0	0	819	51
1	2.53-3.3	1.23	1	0.5	0.3	0	0	1529	71
1	2.04-2.53	1.44	1	0.4	0.2	0	0	2485	98
1	1.72-2.04	1.85	1	0.3	0.2	0	0	3643	118
1	1.48-1.72	1.93	1	0.2	0.1	0	0	5017	136
1	1.3-1.48	2.02	1	0.2	0.1	0	0	6589	139
2	8.61-43.81	0.55	0.4	5.2	4.4	3.06	2.4	50	8
2	4.77-8.61	0.42	0.36	3.7	4.6	3.64	2.52	335	36
2	3.3-4.77	0.52	0.58	3.8	6.4	2.82	1.5	819	51
2	2.53-3.3	0.56	0.54	3.2	4.9	2.45	1.56	1529	71
2	2.04-2.53	0.63	0.66	3	4.4	1.83	1.09	2485	96
2	1.72-2.04	0.73	0.8	2.7	4.7	1.38	0.64	3642	117
2	1.48-1.72	0.87	0.97	2.7	4.6	0.92	0.48	5014	136
2	1.3-1.48	0.97	0.99	2.9	4.6	0.54	0.3	6493	112

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	13.81665	-0.861	-0.213	-0.15	0
2	Se	10.97325	-0.691	-0.375	0.009	0
3	Se	34.74163	-0.923	-0.398	-0.056	0
4	Se	13.12774	-0.861	-0.213	-0.15	-0.181
5	Se	10.66146	-0.691	-0.374	0.009	-0.103
6	Se	36.44563	-0.922	-0.398	-0.056	-0.094

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.61-43.81	0.83	0.83	0.832	58	50	8
4.77-8.61	0.89	0.901	0.785	371	335	36
3.3-4.77	0.84	0.85	0.691	870	819	51
2.53-3.3	0.841	0.847	0.719	1600	1529	71
2.04-2.53	0.793	0.804	0.514	2583	2485	98
1.72-2.04	0.725	0.735	0.403	3761	3643	118
1.48-1.72	0.581	0.59	0.231	5153	5017	136
1.3-1.48	0.369	0.375	0.08	6728	6589	139

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 23416

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
4.53-100	35.5	0.936	501
3.59-4.53	32	0.949	507
3.13-3.59	32.4	0.947	508
2.84-3.13	34.5	0.943	524
2.62-2.84	33.2	0.939	566
2.45-2.62	33.1	0.94	595
2.3-2.45	35	0.942	636
2.18-2.3	37	0.941	688
2.07-2.18	37.4	0.941	726
1.98-2.07	40	0.936	749
1.9-1.98	38.9	0.925	779
1.83-1.9	39.5	0.922	823
1.77-1.83	41.6	0.912	833
1.71-1.77	43.5	0.907	892
1.66-1.71	43.9	0.894	898
1.61-1.66	47.8	0.895	926
1.57-1.61	47.2	0.896	956
1.53-1.57	53.9	0.875	975
1.49-1.53	54.7	0.863	1005
1.46-1.49	55	0.866	1044
1.42-1.46	58.3	0.847	1051
1.39-1.42	62.3	0.825	1049
1.36-1.39	60	0.848	1121
1.34-1.36	68.6	0.836	1127
1.31-1.34	69.5	0.83	1107
1.29-1.31	78.5	0.834	1105
1.25-1.29	91.6	0.587	1725

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.3→24.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.346 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.053
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	1079	5.1 %	RANDOM
R_work	0.147	-	-	-
all	0.149	21124	-	-
obs	0.149	21124	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0.14 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	875	0	5	128	1008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.986	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.001	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.483	25.745	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.334	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.862	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.299	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.301	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.359	1.5	582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.05	2	941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.008	3	345
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.147	4.5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.521	3	927
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.752	3	128
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.128	3	880

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	77	-
R_work	0.178	1438	-
all	-	1515	-
obs	-	1515	97.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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