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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qs9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human retinoblastoma-binding protein 9 (RBBP-9). NESG target HR2978 | ||||||
要素 | Retinoblastoma-binding protein 9 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Retinoblastoma-binding protein 9 / Retinoblastoma-binding protein 10 / B5T overexpressed gene protein / BOG / RBBP9 / RBBP10 / HR2978 / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Alternative splicing / Cytoplasm / Nucleus / Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type II pneumocyte differentiation / response to nematode / 加水分解酵素 / hydrolase activity / positive regulation of gene expression / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Kuzin, A. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Owens, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Kuzin, A. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Owens, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of human retinoblastoma binding protein 9. 著者: Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Huang, Y.J. / Chen, C.X. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qs9.cif.gz | 90.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qs9.ent.gz | 73 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qs9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qs9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22284.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP9, BOG, RBBP10 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: O75884 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.43 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5 詳細: 40% PEG 4000, 0.1M Magnesium nitrate, 0.1M Sodium acetate pH 5.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97913 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97913 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→50 Å / Num. all: 67796 / Num. obs: 67796 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / Num. unique all: 7026 / % possible all: 85.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 208046.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used for phasing
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.5713 Å2 / ksol: 0.362383 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.72→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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