PDB-2qr5: Aeropyrum pernix acylaminoacyl peptidase, H367A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qr5

タイトル

Aeropyrum pernix acylaminoacyl peptidase, H367A mutant

要素

Acylamino-acid-releasing enzyme

キーワード

HYDROLASE / acylaminoacyl peptidase / thermophilic enzyme / oxyanion binding site / catalytic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Harmat, V. / Pallo, A. / Kiss, A.L. / Polgar, L.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural and kinetic contributions of the oxyanion binding site to the catalytic activity of acylaminoacyl peptidase
著者: Kiss, A.L. / Pallo, A. / Naray-Szabo, G. / Harmat, V. / Polgar, L.

履歴

登録	2007年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qr5.cif.gz	226 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qr5.ent.gz	180.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qr5_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qr5_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	2qr5_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	2qr5_validation.cif.gz	56.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ve6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hu8-d 2hu7-d 2hu5-d 1ve7-d 2qzp-d 1ve6-d 4fso-d 4azl-d 7kw2-d 6z8f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acylamino-acid-releasing enzyme

B: Acylamino-acid-releasing enzyme

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.270, 105.040, 114.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	7 - 88	7 - 88
2	1	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	7 - 88	7 - 88
3	2	HIS	HIS	LEU	LEU	A	A	90 - 106	90 - 106
4	2	HIS	HIS	LEU	LEU	B	B	90 - 106	90 - 106
5	3	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	108 - 109	108 - 109
6	3	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	108 - 109	108 - 109
7	4	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	111 - 221	111 - 221
8	4	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	111 - 221	111 - 221
9	5	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	223 - 233	223 - 233
10	5	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	223 - 233	223 - 233
11	6	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	235 - 309	235 - 309
12	6	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	235 - 309	235 - 309
13	7	LEU	LEU	PRO	PRO	A	A	311 - 323	311 - 323
14	7	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	311 - 323	311 - 323
15	8	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	325 - 327	325 - 327
16	8	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	325 - 327	325 - 327
17	9	SER	SER	LEU	LEU	A	A	329 - 365	329 - 365
18	9	SER	SER	LEU	LEU	B	B	329 - 365	329 - 365
19	10	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	371 - 430	371 - 430
20	10	PHE	PHE	ALA	ALA	B	B	371 - 430	371 - 430
21	11	GLU	GLU	SER	SER	A	A	432 - 496	432 - 496
22	11	GLU	GLU	SER	SER	B	B	432 - 496	432 - 496
23	12	GLU	GLU	LYS	LYS	A	A	498 - 566	498 - 566
24	12	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	498 - 566	498 - 566
25	13	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	568 - 579	568 - 579
26	13	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	568 - 579	568 - 579

詳細

The biological assembly is a dimer built up by chains A and B of the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Acylamino-acid-releasing enzyme / E.C.3.4.19.1 / acylaminoacyl-peptidase / AARE / Acyl-peptide hydrolase / APH 分子量: 63041.480 Da / 分子数: 2 / 変異: H367A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YBQ2, acylaminoacyl-peptidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.35 詳細: 169 mM sodium acetate, 0.4 mM EDTA, 2% PEG 4000 0.51% beta-octyl-glucoside, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月20日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 58729 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.71 % / B_iso Wilson estimate: 38.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.5 Å / 冗長度: 3.42 % / R_merge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / Num. unique all: 18581 / R_sym value: 0.467 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
bioteX		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VE6 (ONE MONOMER)

1ve6

解像度: 2.2→19.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 12.619 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22225	2982	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17739	-	-	-
all	0.17959	55723	-	-
obs	0.17959	55723	93.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.778 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8657	0	0	183	8840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.975	12030
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.954	5	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.37	22.697	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.015	15	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.238	15	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.109	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.276	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.592	2	5805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.457	3	9125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.052	2	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.067	3	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2220	tight positional	0.05	0.05
1919	medium positional	0.14	0.5
2220	tight thermal	0.26	0.5
1919	medium thermal	0.93	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	229	-
R_work	0.259	3921	-
obs	-	-	90.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7834	0.0246	0.0111	0.3717	0.009	1.5107	-0.0296	0.1545	0.0445	-0.0321	0.0065	0.0012	-0.0363	-0.0149	0.023	-0.0974	0.0132	-0.0033	-0.064	-0.0041	-0.0451	2.5937	81.7629	-14.2593
2	0.849	0.0005	0.004	0.7707	-0.1619	1.1431	0.0125	-0.1391	0.0232	0.1015	-0.0403	-0.0227	-0.0951	-0.0334	0.0278	-0.0505	-0.0256	0.0001	-0.1322	-0.0257	-0.0558	7.7446	88.1611	35.3097

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 581	6 - 581
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 581	6 - 581

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関連情報:EMDBヘッダ

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