PDB-2qr4: Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qr4

タイトル

Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium

要素

Peptidase M3B, oligoendopeptidase F

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / oligoendopeptidase F / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

Oligoendopeptidase f, C-terminal domain / putative peptidase helix hairpin domain like / Oligopeptidase f, N-terminal domain / Neurolysin; domain 3 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Bain, K. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Bain, K. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2007年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月3日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qr4.cif.gz	217.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qr4.ent.gz	181.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qr4_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qr4_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	2qr4_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	2qr4_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6p7e-4 3hu3-d 5wql-2 7441 5uz7-d 4ko8-d 6niy-d 5hxm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-10379l

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidase M3B, oligoendopeptidase F

B: Peptidase M3B, oligoendopeptidase F

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.142, 133.142, 171.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	GLU	A	A	25 - 158	3 - 136
2	1	LEU	GLU	B	B	25 - 158	3 - 136
1	2	SER	GLY	A	A	159 - 312	137 - 290
2	2	SER	GLY	B	B	159 - 312	137 - 290
1	3	LYS	PHE	A	A	324 - 416	302 - 394
2	3	LYS	PHE	B	B	324 - 416	302 - 394
1	4	LEU	ASP	A	A	417 - 600	395 - 578
2	4	LEU	ASP	B	B	417 - 600	395 - 578

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Peptidase M3B, oligoendopeptidase F 分子量: 68498.312 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 26-601 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 株: DO / 遺伝子: EfaeDRAFT_1000 / プラスミド: BS-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3XYC8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peptidase M3B, oligoendopeptidase F

分子量: 68498.312 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 26-601 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecium (バクテリア)
株: DO / 遺伝子: EfaeDRAFT_1000 / プラスミド: BS-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3XYC8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 1.0M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 15.8 % / Av σ(I) over netI: 6.4 / 数: 849150 / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 0.89 / D res high: 2.5 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 53824 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.38	40	99.9	1	0.055	2.223	15.1
4.27	5.38	100	1	0.06	1.487	15.2
3.73	4.27	100	1	0.079	1.319	15.8
3.39	3.73	100	1	0.104	0.93	15.9
3.15	3.39	100	1	0.136	0.634	16.1
2.96	3.15	100	1	0.211	0.509	16.1
2.82	2.96	100	1	0.308	0.466	16.1
2.69	2.82	100	1	0.418	0.45	16
2.59	2.69	100	1	0.573	0.44	16
2.5	2.59	100	1	0.764	0.426	15.7

反射

解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 53824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 0.889 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	15.7	0.764	5270	0.426	1	100
2.59-2.69	16	0.573	5310	0.44	1	100
2.69-2.82	16	0.418	5308	0.45	1	100
2.82-2.96	16.1	0.308	5315	0.466	1	100
2.96-3.15	16.1	0.211	5337	0.509	1	100
3.15-3.39	16.1	0.136	5339	0.634	1	100
3.39-3.73	15.9	0.104	5344	0.93	1	100
3.73-4.27	15.8	0.079	5412	1.319	1	100
4.27-5.38	15.2	0.06	5461	1.487	1	100
5.38-40	15.1	0.055	5728	2.223	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

解像度: 2.5→39.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 15.317 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	2726	5.1 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.191	53751	-	-
obs	0.191	53751	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.783 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8308	0	0	188	8496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	8553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.142	1.949	11582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.52	5	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.664	24.67	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.629	15	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.263	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.3	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.325	0.5	5972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.257	0.3	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.223	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.767	2	5255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.055	3	8268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.38	2	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.177	3	3314

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1094	MEDIUM POSITIONAL	0.9	0.5
1	1094	MEDIUM THERMAL	3.92	2
2	1209	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
2	1209	MEDIUM THERMAL	2.91	2
3	253	MEDIUM POSITIONAL	0.54	0.5
3	253	MEDIUM THERMAL	2.83	2
4	1461	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
4	1461	MEDIUM THERMAL	3.11	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	184	-
R_work	0.24	3697	-
all	-	3881	-
obs	-	-	99.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.994	-0.3539	-0.9626	1.2211	-0.3997	3.002	-0.0878	-0.6142	0.0055	0.1713	0.1009	0.0365	0.0006	-0.0279	-0.0131	0.044	-0.0275	0.0037	0.0547	-0.0166	-0.2236	35.842	46.769	78.158
2	0.7053	0.4206	-0.0849	1.6645	0.3117	0.8588	-0.0035	-0.1654	0.0515	0.031	0.0566	-0.1263	-0.0618	0.1123	-0.0531	-0.0861	-0.0307	-0.0009	-0.0633	-0.0007	-0.2997	54.924	70.765	61.639
3	11.1059	2.9597	2.3131	5.1264	1.8576	2.7956	0.4089	-0.981	-1.0051	0.9934	-0.7016	-0.4537	0.8751	-0.013	0.2926	0.6381	0.1184	-0.0228	0.4101	0.1677	0.1945	54.467	75.796	90.538
4	1.021	0.3186	0.7008	2.536	1.6182	2.3083	-0.0527	-0.2465	0.1571	0.3328	0.0295	0.1033	0.0833	-0.2073	0.0232	-0.0656	0.0182	0.015	-0.0322	0.0031	-0.2281	48.988	79.87	71.689
5	2.5773	2.2468	-0.9469	2.1477	-0.6697	0.4763	-0.2174	0.3249	0.143	-0.2656	0.2585	0.2705	-0.0094	-0.2097	-0.0411	0.0011	-0.0811	-0.0618	0.0098	0.0615	-0.1866	26.127	47.226	41.215
6	1.638	0.2989	-0.51	1.3212	-0.1628	1.3398	-0.1501	0.1832	-0.3249	-0.275	0.1069	-0.3602	0.2232	0.2161	0.0433	-0.0066	-0.0103	0.0709	-0.0479	-0.0532	-0.1435	59.226	39.395	43.711
7	16.4299	2.5973	-3.8348	0.5694	-2.64	26.9377	0.3238	1.8757	0.6761	-0.0075	0.4375	0.4965	-0.5847	-0.6096	-0.7614	0.5863	0.0157	0.0237	0.4942	0.0011	0.5615	48.062	29.705	17.346
8	2.5427	0.1779	-1.3221	1.7264	0.5137	2.0611	-0.2567	0.71	-0.6354	-0.4203	0.1075	-0.1718	0.5214	-0.2367	0.1491	0.2246	-0.055	0.1304	0.0979	-0.1369	0.0241	54.777	27.03	36.686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	159 - 316
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	322 - 419
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	420 - 602
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	25 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	161 - 312
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	324 - 416
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	417 - 600

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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