- PDB-2qr4: Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2qr4
タイトル
Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium
要素
Peptidase M3B, oligoendopeptidase F
キーワード
HYDROLASE / structural genomics / oligoendopeptidase F / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection
冗長度: 15.8 % / Av σ(I) over netI: 6.4 / 数: 849150 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.89 / D res high: 2.5 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 53824 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)
最低解像度 (Å)
% possible obs (%)
ID
Rmerge(I) obs
Chi squared
Redundancy
5.38
40
99.9
1
0.055
2.223
15.1
4.27
5.38
100
1
0.06
1.487
15.2
3.73
4.27
100
1
0.079
1.319
15.8
3.39
3.73
100
1
0.104
0.93
15.9
3.15
3.39
100
1
0.136
0.634
16.1
2.96
3.15
100
1
0.211
0.509
16.1
2.82
2.96
100
1
0.308
0.466
16.1
2.69
2.82
100
1
0.418
0.45
16
2.59
2.69
100
1
0.573
0.44
16
2.5
2.59
100
1
0.764
0.426
15.7
反射
解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 53824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.889 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
2.5-2.59
15.7
0.764
5270
0.426
1
100
2.59-2.69
16
0.573
5310
0.44
1
100
2.69-2.82
16
0.418
5308
0.45
1
100
2.82-2.96
16.1
0.308
5315
0.466
1
100
2.96-3.15
16.1
0.211
5337
0.509
1
100
3.15-3.39
16.1
0.136
5339
0.634
1
100
3.39-3.73
15.9
0.104
5344
0.93
1
100
3.73-4.27
15.8
0.079
5412
1.319
1
100
4.27-5.38
15.2
0.06
5461
1.487
1
100
5.38-40
15.1
0.055
5728
2.223
1
99.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3
データ抽出
CBASS
データ収集
HKL-2000
データ削減
SHELXD
位相決定
SHELXE
モデル構築
精密化
解像度: 2.5→39.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 15.317 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.244
2726
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.188
-
-
-
all
0.191
53751
-
-
obs
0.191
53751
99.93 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 47.783 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.18 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
0.18 Å2
0 Å2
3-
-
-
-0.36 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.04 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
8308
0
0
188
8496
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.01
0.022
8553
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.142
1.949
11582
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
4.52
5
1030
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
35.664
24.67
454
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
18.629
15
1447
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
17.263
15
40
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.09
0.2
1246
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.004
0.02
6617
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.235
0.3
4034
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.325
0.5
5972
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.184
0.5
602
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.257
0.3
42
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.223
0.5
8
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
5.767
2
5255
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
7.055
3
8268
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
7.38
2
3707
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
9.177
3
3314
Refine LS restraints NCS
Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION