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Yorodumi- PDB-2qr4: Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qr4 | ||||||
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Title | Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium | ||||||
Components | Peptidase M3B, oligoendopeptidase F | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / oligoendopeptidase F / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
Function / homology | Function and homology information Oligoendopeptidase f, C-terminal domain / putative peptidase helix hairpin domain like / Oligopeptidase f, N-terminal domain / Neurolysin; domain 3 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Enterococcus faecium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Bain, K. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium. Authors: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Bain, K. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qr4.cif.gz | 217.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qr4.ent.gz | 181.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qr4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2qr4_validation.pdf.gz | 444.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2qr4_full_validation.pdf.gz | 466.7 KB | Display | |
Data in XML | 2qr4_validation.xml.gz | 38 KB | Display | |
Data in CIF | 2qr4_validation.cif.gz | 53.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 68498.312 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Residues 26-601 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecium (bacteria) / Strain: DO / Gene: EfaeDRAFT_1000 / Plasmid: BS-pSGX4(BC) / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q3XYC8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.69 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 1.0M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2007 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 15.8 % / Av σ(I) over netI: 6.4 / Number: 849150 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.89 / D res high: 2.5 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 53824 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.5→40 Å / Num. obs: 53824 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.889 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.5→39.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 15.317 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.255 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.783 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→39.04 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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