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- PDB-2qqe: Thymidine Kinase from Thermotoga Maritima in complex with Thymidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qqe
タイトルThymidine Kinase from Thermotoga Maritima in complex with Thymidine
要素Thymidine kinase
キーワードTRANSFERASE / TmTK in complex with thymidine / Close conformation / ATP-binding / Cytoplasm / DNA synthesis / Kinase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidine metabolic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidine kinase / Thymidine kinase, conserved site / Thymidine kinase / Thymidine kinase cellular-type signature. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich ...Thymidine kinase / Thymidine kinase, conserved site / Thymidine kinase / Thymidine kinase cellular-type signature. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE / Thymidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Segura-Pena, D. / Lichter, J. / Trani, M. / Konrad, M. / Lavie, A. / Lutz, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Quaternary structure change as a mechanism for the regulation of thymidine kinase 1-like enzymes.
著者: Segura-Pena, D. / Lichter, J. / Trani, M. / Konrad, M. / Lavie, A. / Lutz, S.
履歴
登録2007年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidine kinase
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9856
ポリマ－41,3702
非ポリマー6154
水88349
1
A: Thymidine kinase
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,97012
ポリマ－82,7404
非ポリマー1,2318
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area8400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.590, 52.820, 59.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYSAA2 - 402 - 40
21SERSERLYSLYSBB2 - 402 - 40
32VALVALALAALAAA58 - 15558 - 155
42VALVALALAALABB58 - 15558 - 155
53ILEILELYSLYSAA161 - 181161 - 181
63ILEILELYSLYSBB161 - 181161 - 181
詳細The tetrameric biological assembly is generated from the dimer in the assimetric unit by the operation (-x, y, -z)

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要素

#1: タンパク質 Thymidine kinase


分子量: 20684.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tdk / プラスミド: pET14B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WYN2, thymidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 60-65% MPD + 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: monocromator SI (111) sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→12 Å / Num. all: 24026 / Num. obs: 23671 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rsym value: 0.0762 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.9→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique all: 3667 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 4.838 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28571 2528 10.1 %RANDOM
Rwork0.23556 ---
obs0.24076 22601 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20.48 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2504 0 36 49 2589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.9973472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1995316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96624.257101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.37915473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.71512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21773
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3520.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9491.51629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57922561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5731061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9194.5911
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1216 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.320.5
medium thermal0.82
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 156 -
Rwork0.289 1665 -
obs--98.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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