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万見
- PDB-2qqd: N47A mutant of Pyruvoyl-dependent Arginine Decarboxylase from Met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qqd
タイトルN47A mutant of Pyruvoyl-dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannashii
要素(Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) ...) x 3
キーワードLYASE / arginine decarboxylase / pyruvoyl / decarboxylation / autoprocessing / serinolysis / Pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine decarboxylase / arginine decarboxylase activity / arginine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (PvlArgDC) / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AGMATINE / PYRUVIC ACID / Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ealick, S.E. / Soriano, E.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structures of the N47A and E109Q mutant proteins of pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase from Methanococcus jannaschii.
著者: Soriano, E.V. / McCloskey, D.E. / Kinsland, C. / Pegg, A.E. / Ealick, S.E.
履歴
登録2007年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
B: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
C: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
D: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
E: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
F: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
G: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
H: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,45314
ポリマ－106,7808
非ポリマー6736
水6,035335
1
A: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
B: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
C: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
D: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
E: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,99411
ポリマ－53,3215
非ポリマー6736
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16190 Å2
手法PISA
2
F: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
G: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)
H: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4593
ポリマ－53,4593
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.720, 92.249, 86.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) ... , 3種, 8分子 ADBECFGH

#1: タンパク質 Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)


分子量: 5523.238 Da / 分子数: 2 / 断片: Beta subunit / 変異: N47A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: pdaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase
#2: タンパク質 Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)


分子量: 12227.369 Da / 分子数: 2 / 断片: Alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: pdaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase
#3: タンパク質
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (EC 4.1.1.19) (PvlArgDC)


分子量: 17819.684 Da / 分子数: 4 / 変異: N47A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: pdaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase

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非ポリマー , 4種, 341分子

#4: 化合物 ChemComp-AG2 / AGMATINE / (4-AMINOBUTYL)GUANIDINE / アグマチン


分子量: 130.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N4
#5: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 17-20% PEG 2000, 10% MPD, 2.5% glycerol, 0.1 M HEPES, 0.005 M beta-octylglucoside, 0.005 M EDTA, 0.010 M DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.13 Å / Num. all: 58029 / Num. obs: 56234 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.04 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N13

1n13


解像度: 2→46.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 371512.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 5706 10.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.212 58029 --
obs0.212 56234 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.9666 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.84 Å20 Å2-0.5 Å2
2--17.66 Å20 Å2
3----13.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6971 0 28 351 7350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.122.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 838 10.6 %
Rwork0.292 7075 -
obs--78.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3pyru.parampyru.top
X-RAY DIFFRACTION4ag.paramag.top
X-RAY DIFFRACTION5MPD.paramMPD.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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