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- PDB-2qq5: Crystal structure of human SDR family member 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qq5
タイトルCrystal structure of human SDR family member 1
要素Dehydrogenase/reductase SDR family member 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHRS1 / SDR / DEHYDROGENASE / REDUCTASE / SHORT-CHAIN / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dehydrogenase/reductase SDR family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of human SDR family member 1.
著者: Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2007年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0441
ポリマ－28,0441
非ポリマー00
水3,621201
1
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1

A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0882
ポリマ－56,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3500 Å2
手法PISA
2
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1

A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0882
ポリマ－56,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area1740 Å2
手法PISA
3
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1

A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1

A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1

A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1774
ポリマ－112,1774
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area10540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.225, 87.854, 100.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Dehydrogenase/reductase SDR family member 1 / DHRS1


分子量: 28044.129 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 3-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHRS1 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: Q96LJ7, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.4M Na Malonate pH 7.0, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月5日 / 詳細: OSMIC
放射モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→22.21 Å / Num. all: 91682 / Num. obs: 91499 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 12938 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2AE1, 1AE1, 2EW8, 1ZEM, 1AHH, 1VL8

2ae1

1ae1

2ew8

1zem

1ahh

1vl8


解像度: 1.8→22.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.406 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used for phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19719 1203 5.1 %RANDOM
Rwork0.15681 ---
obs0.15881 22214 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.684 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20 Å2
2---1.29 Å20 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 0 0 201 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2131.9562416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91832825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5965236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.66223.91369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.48815277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3061512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.31831204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.713489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.30651876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7127650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.62111540
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 77 -
Rwork0.218 1614 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.6303 Å / Origin y: 29.9874 Å / Origin z: 34.7302 Å
111213212223313233
T-0.0302 Å2-0.0097 Å20.0081 Å2--0.0431 Å2-0.0139 Å2---0.0434 Å2
L1.1019 °20.1959 °20.2673 °2-0.6329 °20.1904 °2--0.317 °2
S0.0221 Å °0.0353 Å °-0.1292 Å °0.0481 Å °-0.0277 Å °-0.0079 Å °0.0445 Å °-0.044 Å °0.0056 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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