PDB-2qpv: Crystal structure of uncharacterized protein Atu1531

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qpv

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein Atu1531

要素

Uncharacterized protein Atu1531

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Agrobacterium tumefaciens / Atu1531 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Hypothetical protein

機能・相同性

START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETIC ACID / Polyketide cyclase / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Chang, C. / Binkowski, T.A. / Xu, X. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Atu1531.
著者: Chang, C. / Binkowski, T.A. / Xu, X. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qpv.cif.gz	66.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qpv.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4xrs-2 5ky9-d 5l10-2 1m4m-2 1uiy-d 1v9f-d 2qtp-2 2pxh-d 4nfc-d 3t7h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5868

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein Atu1531

B: Uncharacterized protein Atu1531

ヘテロ分子

34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Uncharacterized protein Atu1531

ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein Atu1531

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.852, 95.852, 76.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Uncharacterized protein Atu1531 分子量: 17387.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q8UF68, UniProt: Q7CZ16*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate, 1.5M Ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795224 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月25日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795224 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 17280 / Num. obs: 16220 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 48.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 32.688
反射シェル	解像度: 2.35→2.37 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 22.35 / % possible all: 70.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→41.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 16.723 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2426	810	5 %	RANDOM
R_work	0.20878	-	-	-
obs	0.21046	15385	93.83 %	-
all	-	15385	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.88 Å²	-0.94 Å²	0 Å²
2-	-	-1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2026	0	8	66	2100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.344	1.962	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.114	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.145	25.258	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.139	15	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.723	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.306	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.853	1.5	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.159	2	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.517	3	832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.312	4.5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	50	-
R_work	0.265	884	-
obs	-	-	74.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8472	-0.8952	-0.1179	5.6136	-0.6465	2.6851	0.3656	0.279	0.1614	-0.767	-0.3087	0.2944	-0.3195	-0.0704	-0.0569	-0.0274	0.2049	0.0074	-0.3511	0.0163	-0.1658	44.441	5.0812	7.8136
2	5.541	-1.5041	-7.8804	22.7929	11.8882	15.4536	-0.6264	0.5022	-0.2449	-0.6814	1.1299	0.0799	0.7415	0.4629	-0.5035	0.2891	0.307	-0.4147	0.14	-0.0946	0.1719	36.1391	-1.5046	3.3225
3	7.866	10.3076	10.8083	20.45	15.0099	18.9862	0.1305	-0.185	0.4243	-0.4915	-0.5757	0.9568	-0.8491	-1.1064	0.4452	-0.2366	0.1902	0.0283	-0.2384	0.0409	-0.0504	38.5673	1.6432	17.9478
4	4.5028	-3.2014	0.6252	6.3118	-0.8199	2.4503	-0.3074	-0.3107	-0.5285	0.5051	0.3482	0.064	0.2382	0.1112	-0.0407	-0.1114	0.2052	0.0601	-0.3014	0.0541	-0.1214	30.261	25.7413	17.2621
5	21.4982	-9.6059	-7.6935	14.0782	7.1729	16.4573	0.5752	-1.5189	-0.3518	0.1589	0.2939	0.9834	-0.4255	-0.5271	-0.8691	-0.0187	-0.0285	0.1161	-0.0985	0.3178	0.1357	19.5805	21.3537	18.0302
6	58.154	0.1542	-9.9327	9.4179	-1.7545	9.3107	-0.3881	0.5072	-0.9211	-0.7521	-0.0734	0.0937	0.6999	0.2083	0.4615	0.1646	0.1851	-0.1085	-0.32	-0.0769	-0.0073	27.277	23.9273	5.464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 15	23 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	39 - 106	61 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	16 - 38	38 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	107 - 133	129 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 15	23 - 37
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	39 - 106	61 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	16 - 38	38 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	107 - 133	129 - 155

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)